Aplicaciones de polimorfismos de un solo nucleótido en cultivos genéticos

Aplicaciones de polimorfismos de un solo nucleótido en cultivos genéticos
Introducción: Los SNP´s pueden ser usados como como marcadores genéticos, para así identificar en la vecindad de cada gen, los SNP´s tienen un gran potencial en la detección de asociaciones entre las formas alélicas de un gen y fenotipos. Genomas de plantas oferta algunas ventajas únicas usando tecnologías basadas enSNP. El alto nivel de polimorfismos de muchas especies e plantas, como el maíz facilita la identificación de SNP.
Descubrimiento de SNP´s: existen diferentes caminos para el descubrimiento de SNP´s, tales como la resecuenciación de amplicones de PCR, descubrimiento de SNP electrónico en bibliotecas genómicas de escopeta y el descubrimiento eSNP en bibliotecas de EST. La secuenciación directa desegmentos de ADN de muchos individuos es la manera más directa para identificar polimorfismo SNP. El PCR es realizado en un conjunto de líneas puras, individuos que representan la diversidad e la población de interés. Además se utilizo RFLP para ayudar a seleccionar diversos conjuntos de individuos. De un conjunto de 502 loci EST derivados del maíz, la cual fueron re-secuenciado más de 400 a500 pb por locus en ocho diversas líneas, y el 86% fueron polimórficas. Recientemente de la diversidad de secuencias en 22 genotipos de soya distintos identificado frecuencias de SNP de 1,64 SNPs por kb en regiones codificantes y 4.85 SNPs por kb en regiones no codificantes.
Existen software especializados que facilitan la identificación de posiciones heterocigotos. Los productos de PCRpueden ser clonados o halotipos no conocidos pueden colocados en un antecedente conocido por un retrocruzamiento con un individuo que posee halotipos bien caracterizados. Las secuencias contenidas en bibliotecas genómicas pueden proyectar computacionalmente para la presencia de polimorfirmos, proporcionando que la suficiente redundancia está presente en que las bibliotecas han sido preparadas deconjuntos diversos de individuos. Por ejemplo, en Arabidopsis, genómica Celeron ha sido llevada a la secuenciación genómica escopeta del ecotipo Landsberg. Estas secuencias Landsberg han sido alineadas con estos ecotipos de Columbia, la cual han sido secuenciadas completamente.
Ensayo de SNP: la elección de métodos para el genotipeo de SNPs depende de muchos factores como el costo, rendimiento,equipo necesario, dificultad de desarrollo de ensayos, y la posibilidad de multiplexación.
Aplicaciones:
SNPs e indeles como marcadores genéticos: los marcadores de repetición de secuencia simple (SSR) son de preferencia para detección indirecta de polimorfismo de secuencia. Los SSR son menos adecuados para los estudios de asociación, sin embargo, debido a la presencia de homoplasia, esdecir, la presencia de alelos SSR de idéntico tamaño, pero origen evolutivo diferente. También es probable que los SSR de diferentes tamaños estén incrustados en los haplotipos idénticos. Los ensayos de SNP pueden ser automatizados en microchips y son más fáciles de localizar en regiones de una sola copia del genoma de los SSRs. Los SNPs son bialélicos y su heterocigosidad es baja: 0.263 en elgermoplasma del maíz comparado en 0.77 para lo SSRs. Como la definición de haplotipos SNPs han sido llamadas "etiquetas de haplotipos, se han identificado abundantes SNPs en las secuencias de acompañamiento de los microsatélites de maíz, lo que indica un camino hacia la conversión de los marcadores de SSR en SNPs.
Mapeo EST con SNPs: los ESts son fácilmente mapear genéticamente con SNPs.El procedimiento de SNPs de puntuación es usado para mapear los genotipos de la progene.
Integración de genética y mapas físicos: el proceso de integración de mapas físicos con mapas genéticos tradicionales, las secuencias finales BAC pueden ser explorados por la ausencia de elementos repetitivos y luego ser usados para identificar SNPs que son polimórficos entre los padres de mapeo....