Ciencia E Investigación Agraria

Ciencia e investigación agraria
versión On-line ISSN 0718-1620
Cienc. Inv. Agr. v.35 n.1 Santiago abr. 2008
doi: 10.4067/S0718-16202008000100008 
  | Cien. Inv. Agr. 35(1): 77-86. 2008NOTA DE INVESTIGACIÓN Comparación de protocolos de extracción de ADN con muestras de aleta y larva de peces: extracción modificada con cloruro de sodioComparison of DNA extraction protocols of fish fin andlarvae samples: modified salt (NaCl) extraction Nelson M. Lopera-Barrero1, Jayme A. Povh, Ricardo P. Ribeiro, Patricia C. Gomes, Carolina B. Jacometo y Tais da Silva LopesDepartamento de Zootecnia, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia, Universidade Estadual de Maringá, Grupo de Pesquisa PEIXEGEN, Av. Colombo, 5790, CEP 87020-900, Maringá, PR, BrazilAbstractThe use of appropriate sampling methods,the type of tissue or sample and the use of viable DNA extraction protocols are critical issues in studies based on PCR. In an attempt to identify a simple, reproducible, inexpensive and non-toxic method for obtaining high quality and quantity genomic DNA from fish fin and larvae samples, modified salt extraction protocol and modified phenol-chloroform extraction protocol were compared. The samplesobtained from different fish species (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinas elongatus and Prochilodus lineatus) using salt extraction showed good DNA quality and quantity (DNA/RNA relationship 1.8-2.2). These DNA samples were successfully used in the amplification of RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) and microsatellite molecular markers, demonstratingthe same effectiveness of this protocol in comparison with modified phenol-chloroform extraction protocol. This DNA extraction procedure constitutes an alternative and efficient replacement for previous protocols for improving fish molecular studies.Key words: Fish studies, genetic research, microsatellites, PCR amplification, RAPD.ResumenEl uso de apropiados métodos de muestreo, tipo de tejido yla utilización de protocolos viables de extracción del ADN son aspectos críticos en estudios basados en PCR. Los métodos de extracción de ADN deben ser simples, reproducibles, económicos y no contaminantes. Este trabajo tuvo por objetivo comparar un protocolo modificado de extracción con sal común (NaCl) y un protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo para la obtención de ADN genómicoen alta cantidad y calidad desde muestras de aleta y larva de pez (Brycon orbignyanus, Piaractus mesopotamicus, Oreochromis niloticus, Leporinus elongatus y Prochilodus lineatus). Las muestras aisladas de diferentes especies de peces usando la extracción con sal común permitieron obtener ADN de buena calidad (relación DNA/RNA 1.8-2.2) y fue usado con éxito en la amplificación de los marcadoresmoleculares RAPD y microsatélite. Esto demostró la misma efectividad de la extracción de ADN con sal común en comparación con el protocolo modificado de extracción con fenol-cloroformo. Este procedimiento de extracción de ADN constituye una alternativa y un reemplazo eficaz para los protocolos anteriores por mejorar los estudios moleculares en peces.Palabras clave: Amplificación por PCR, estudios depeces, investigación genética, microsatélites, RAPD.IntroducciónEl uso de marcadores moleculares, por ejemplo RAPD {Random Amplified Polymorphic DNA) y microsatélites, permiten que el análisis del potencial genético de un pez, de una comunidad o una población sea determinada con mayor precisión, antes de la expresión de su fenotipo (Liu y Cordes, 2004). De este modo se puede estimar la diversidadgenética, necesaria para estudiar practicas de manejo y conservación de peces, inclusive para aquellas especies en riesgo de extinción (Lopera-Barrero et al., 2006). Sin embargo, la viabilidad de estos estudios es frecuentemente limitada por la dificultad de aislar ADN, en cantidad y calidad suficiente, desde pequeñas muestras de tejidos (Yue y Orban, 2001; Wasko et al, 2003; Aranishi, 2006).El...