Ecologia microbiana

D’Lourdes Cuadra

Información Cuantitativa
 Variables:

Número, biomasa, tasas de actividad.
 Elección de acuerdo a relevancia de variables (tipo de estudio, problemas técnicos).

Fases de Análisis
Muestreo Procesamiento de muestras

Mediciones
Minimización de errores en cada fase

Muestreo
 Muestras representativas. Distribución irregular de microorganismos. Cada muestraindividual es minúscula en comparación con el total.  Diferentes técnicas. Suelo, agua, sedimentos, material biológico. Por falta de accesibilidad, se puede realizar un muestreo remoto.  Asegurar la no alteración y no contaminación de las muestras.

 Los métodos se escogen según las propiedades del

ecosistema, abundancia esperada y procesamiento de muestras.
Comparación de métodos demuestreo en ambientes naturales
Ambiente Acceso Aire Agua D DoR Número Bajo Dispositivos de Muestreo Filtros, muestreadores Andersen Procesado de Muestras Concentración en filtros Dilución o concentración Dilución seriada Dilución Seriada

Alto o bajo Redes, contenedores, filtros Alto Alto Trampas, corers Palas, cilindros

Sedimento R Suelo D

D: Directo / R: Remoto

Suelo
 Técnicasasépticas. No frecuentes pues la gran abundancia relativiza la presencia de contaminantes. Pala y cubo.  Profundidades específicas. Muestreadores cilíndricos (corers). Diseño minimiza compactación de la muestra.

 Técnica de la laminilla (Cholodny-Rossi). Microorganismos se adhieren a la superficie limpia, no selectiva, por lo que se considera representativo.

Agua
 mo c0ntaminantes puedenafectar el número real.  Se pueden tomar muestras desde un punto remoto, en profundidades específicas. Ej. 100 m.  Plancton. Microflagelados no sobreviven el arrastre con redes. Uso de botellas para posterior concentración.

Botella Niskin

Botella Niskin
El cierre de la botella se hace con el envío de mensajeros. - Solo una profundidad muestreada por lanzamiento.
-

Roseta
Las botellasse cierran con un ordenador desde la embarcación. - Toma muestras en diferentes profundidades en cada lanzamiento
-

Sedimento
 Dragas. Doble cuchara accionada por muelles o

mensajeros. Se cierra cuando alcanza el fondo y se cierra hundiéndose en el sedimento. (contaminación con agua intersticial, estratificación)

Van Veen

Birge-Ekman

Box Corers.
 Proporcionan muestrasMulti Corers
 Muestras en buen estado de

relativamente bien conservadas.  Puede submuestrearse con dispositivos cilíndricos.

conservación  Dispositivos cilíndricos.  Permite divisiones verticales (estratificación)

 Buzos o aparatos sumergibles. Ofrece ventajas como ver lo que se muestrea, toma de decisiones y descripción de muestras. Ej. El Alvin en hidrotermas submarinas.

Alvin.submarino construido por el ejercito americano. Puede llevar tres tripulantes durante 10 horas y la profundidad máxima que mayor a 4.000 metros.

Aire
 Número de microorganismos es bajo. Recoger grandes

volúmenes para su procesado?  Acoplar el procesado al muestreo para reducir estrés.  Muestreo pasivo con placas Petri o portaobjetos recubiertos con film adhesivo. Útil para recuento deesporas fúngicas, no para bacterias.

Muestreador Andersen
 Arrastra un volumen de aire  Desventajas.
 Tiempo de cultivo de 6 a 10

conocido sobre una placa petri, que luego es incubada en laboratorio. El medio empleado depende del microorganismos que se desee muestrear (hongos o bacterias)
 Ventajas.Cultivos indican

días para su crecimiento e identificación.  BVNC no crecen. Competencia en el medio de cultivo. Resultados no representativos.

cuantos hongos y bacterias son viables y permiten una identificación más específica.

Aviones a control remoto???
 Monitoreo con GPS

 150 000 litros de aire en 15 mins.
 Mediante métodos moleculares

se detectan microorganismos en el aire. (monitoreo remoto, dispersión).  Análisis de diferentes estratos.

Muestras...