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Cadenas tróficas
Los ecosistemas lagunares-estuarinos, manglares y pantanos dulceacuícolas, a diferencia de las cuencas oceánicas, se caracterizan por poseer una trama trófica mucho más compleja.En estos ecosistemas se presentan cadenas tróficas conocidas usualmente como del pastoreo y del detritus. Al igual que en el océano, la cadena del pastoreo la inicia el fitoplancton, con la diferenciade que se presentan otros productores primarios.
El fitoplancton es mucho más productivo en los ecosistemas lagunares-estuarinos, pues dispone de mayor cantidad de nutrientes alóctonos, provenientesde los ríos, escurrimientos terrestres y manto freático, y autóctonos provenientes del reciclamiento de estos por la degradación microbiana del detritus. Los otros productores primarios dentro deesta línea trófica son las macroalgas, el microfitobentos, las bacterias fotosintéticas y las bacterias quimiosintéticas. El resto
de la cadena trófica la constituyen los mismos componentes que seobservan en el oceáno, pero incorpora una mayor participación por parte de consumidores bentónicos y una rápida reincorporación de los nutrientes a las capas superiores, como consecuencia de su pocaprofundidad y el eficiente efecto de mezcla por las corrientes y mareas. También existen organismos que aceleran los procesos de mineralización de nutrientes, como diversos invertebrados que construyengalerías o que remueven el fondo, así como los pastos marinos, que llegan a exudar nutrientes hacia la columna de agua.

Las bacterias quimiosintéticas participan activamente en estos ecosistemas, enparticular los manglares, debido a que disponen de elementos reducidos que pueden ser oxidados (por el oxígeno presente durante las bajamares) y, así, obtienen la energía que requiere la síntesis decarbohidratos, entre otros procesos.
La cadena trófica del detritus la constituyen inicialmente productores primarios como los manglares y
pastos marinos, así como fuentes alóctonas de carbono...