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CONTAMINACION DE LAS AGUAS
Mientras que la autoridad municipal presume que Ensenada es la ciudad bajacaliforniana que cuenta con el ambiente más sano del estado, grupos civiles insisten en losestragos que la basura, residuos tóxicos como el plomo y los desechos portuarios ocasionan un gran impacto en el medio ambiente de la localidad.
Esta región presenta contaminación de loscuerpos de agua costeros con los cuales limita, siendo las zonas más afectadas: Playas de Tijuana, Punta Bandera, Rosarito, El Sauzal de Rodríguez, Ensenada y el Estero de Punta Banda; dichacontaminación se debe principalmente a las descargas de aguas residuales domésticas, industriales y agrícolas. Las aguas costeras de la franja fronteriza mexicana presentan problemas de contaminación,debido a las descargas de aguas residuales del emisor submarino de Point Loma, en Estados Unidos de América, que son transportadas a las costas de Baja California por las corrientes marinas queviajan de Norte a Sur en determinadas épocas del año. 
PRINCIPALES FUENTES DE CONTAMINACION
Monóxido de carbono (CO)
El Monóxido de Carbono es especialmente problemático en zonas urbanas. La mayorproducción de este gas proviene de la quema incompleta de materia orgánica
Óxidos de Nitrógeno (NO, NO2, NOx)
Las fuentes antropogénicas fundamentales son los escapes de los vehículos y laquema de combustibles fósiles, particularmente en usinas térmicas e incineradores. 
Dióxido de azufre (SO2)
Se generan de la quema de combustible que contenga azufre. Los óxidos de azufre seasocian a efectos del sistema respiratorio.Este compuesto es un responsable directo de la lluvia ácida.
Material Particulado
El material particulado del aire lo constituyen las partículas sólidas olíquidas suspendidas en el aire. Esto incluye contaminantes primarios como el polvo, hollín y contaminantes secundarios como partículas líquidas producidas por la condensación de vapores.