Ninguno

Luego de cambiar la configuración de Windows para ver tus carpetas ocultas y/o protegidas por el sistema, es muy probable que tu pendrive se vea de esta manera (imagen de uno de mis pendrivesafectados):

Carpetas ocultas dentro del pendrive, el virus y los accesos directos ya han sido eliminados.
Como comentaba anteriormente, dentro de las propiedades de las carpetas no se puede quitar  elatributo Oculto.

Si quieres “recuperar tus archivos” te mostramos 3 alternativas:
1) La primera y más sencilla, es crear una nueva carpeta dentro del pendrive, que será perfectamente visible encualquier equipo. Luego copia el contenido de una de las carpetas ocultas dentro de esta nueva carpeta. Para terminar, elimina la carpeta oculta y cambia el nombre a tu nueva carpeta. Repite elproceso con cada carpeta en la raíz y no necesitarás nada más.

Como se habrán dado cuenta, el atributo de oculto sólo afecta a las carpetas que están en la raíz del pendrive y no a los subdirectorios.
2)Es probable que la raíz de tu pendrive no esté tan ordenado como quisieras (ser ordenado ahorra mucho tiempo), y perderás horas en hacer el proceso para cada carpeta. Para estos casos lo mejor es usar unprograma que te permitirá restaurar las carpetas ocultas.
Descarga restaurar carpetas ocultas
Abre el programa -es un portable- y selecciona tu unidad. Para el ejemplo la letra G. Presiona Vercarpetas ocultas, luego Aceptar en la ventana emergente, ahora Restablecer carpetas.

Puede que arroje un error al tratar de restablecer la carpeta System Volume Information, que puedes eliminar quitandoesta unidad del restaurar sistema de Windows (no te compliques con eso ahora, tus archivos son más importantes).
3) La última opción y un poquito más complicada es restaurar las carpetas ocultas porconsola: Presiona la tecla Windows + R, en el recuadro de ejecutar escribe CMD y presiona la tecla Enter.
Ahora coloca la letra de tu unidad seguida de : y presiona Enter para activarla. En mi...