Operon

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UNIVERSIDAD AUTONOMA DE NUEVO LEON
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS
DEPARTAMENTO DE MICOLOGIA
Laboratorio de Genómica Estructural y Comparativa

PRÁCTICA No. 3
CARACTERIZACIÓN Y ANÁLISIS COMPARATIVO DE UN OPERÓN

INTRODUCCIÓN

Una de las formas de regulación de la expresión génica en procariotas es el operón, el cual está formada por diversos genes estructurales, que se transcriben enuna misma molécula de RNA, siendo coordinada su expresión por el gen operador y gen represor. Su función es de regular la síntesis de algún aminoácido o proteína.

Cuando existe suficiente cantidad de esta sustancia, entra en acción el represor, inhibiendo la expresión de los genes. Esta unidad, permanece inactiva hasta que la sustancia baja sus niveles de concentración o ha sido consumidatotalmente, entonces se reinicia la expresión del operador, hasta que la concentración de dicha sustancia vuelva a aumente. Esto se repite de forma indefinida. Estos se encuentran con frecuencia en los cromosomas bacterianos, pero en los eucariontes es raro encontrar esta forma de organización. Un ejemplo es el operón lac de Escherichia coli, desde donde son reguladas 2 enzimas, utilizadas en elmetabolismo de la lactosa, estas son una permeasa, que permite el transporte de la lactosa al interior de la célula, llamada lactosa permeasa, y una enzima que cataliza la ruptura del enlace α-1,4 entre la galactosa y glucosa, llamada α-Galactosidasa, si en el medio no existe lactosa estas enzimas no son requeridas y no se expresan.

Los operones proveen una gran cantidad de información útil para lacaracterización y construcción de rutas biológicas y redes a gran escala. Por lo tanto, la predicción de operones a nivel del genoma entero es uno de los problemas más fundamentales y desafiantes en genómica funcional microbiana. Para la identificación in silico existen diversos programas, pero el organismo bacteriano donde se ha caracterizado mejor es en E. coli, identificando certeramente hasta un93 % y decrece entre un 10% a un 30% en la predicción de operones de otros organismos.

OBJETIVO

1. Identificación y caracterización estructural de un operón.

2. Analizar el grado de conservación en las diversas especies.

3. Comparar el grado de conservación de la secuencia y estructura del operón en los distintos organismos mencionados.
METODOLOGÍA

Para buscar BLAST
1.-Abrir la página NCBI
2.- Del lado derecho de la página seleccionar la opción BLAST.
3.- Mandara a una página donde se seleccionara la opción nucleotide blast.
4.- Mandara a otra página donde hay una opción que dice secuencia FASTA en ese sitio se pondrá la secuencia aproblema.
5.- Donde dice Choose search set cambiar a opción Nucleotide Collection (nr/nt).
6.- Ir a la parte de abajo y hacerclick en BLAST.
7.- Se despliega una lista de organismos, se selecciona el de mayor puntaje, el de menor E.value, el de mayor query coverge y el de mayor porcentaje de similitud.
Para buscar ORF
8.- Poner en google ORF finder.
9.- Nos manda a una página del NCBI. Cargar o pegar la secuencia FASTA en el buscador.
10.- Dar click en ORTFIND.
11.- Despliega una cantidad de ORF. Seleccionar losde mayores a 300 para iniciar la búsqueda después se irá bajando el parámetro.
12.- Para seleccionar se da click sobre una secuencia la cual al seleccionarse se pondrá de color morado, dar click en BLAST.
Estructura del operón
13.- En el buscador se pone la página regulonDB y en busque se selecciona la opción operón y se inserta el nombre del operon buscado. A continuación nos da el dibujo deloperón.
Para encontrar los operones
14.- Abrir la página NCBI
15.- Del lado derecho de la página seleccionar la opción BLAST.
16.- Mandara a una página donde se seleccionara la opción nucleotide blast.
17.- Mandara a otra página donde hay una opción que dice secuencia FASTA en ese sitio se pondrá la secuencia aproblema.
18.- Donde dice Choose search set cambiar a opción Nucleotide...
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