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Newton dedicó grandes esfuerzos a la alquimia, como medio para entender y explorar el mundo natural y descubrir los entresijos del proyecto cósmico divino dejado por Dios y como llave para unirciencia y religión. Por medio de la alquimia buscaba la iluminación para descubrir las fuerzas que gobiernan a todos los cuerpos, mayores y menores. Newton estaba seguro de que Dios había guardado la llavede la sabiduría que da a conocer los secretos de la naturaleza en textos antiguos Al menos desde 1675, toda la investigación de Isaac Newton se basó en un esfuerzo por integrar el conocimientoalquímico en la filosofía mecanicista.

Newton no era sino un hombre de su tiempo, estudiaba la naturaleza muchas veces a través de los ojos de la religiosidad, identificando Dios y naturaleza. En un textoinédito, Theologiae gentilis origines philosophicae, expresa Newton los rasgos principales de esa fe original en la que el creía. Afirma que en la antigüedad todos los pueblos adoraron a doce diosesbajo diferentes nombres, identificados con elementos, planetas o antepasados, siendo realmente los descendientes de Noé divinizados. La fe inicial en un solo Dios creador había sido corrompida puespor la tendencia a la idolatría de los hombres. Su estudio favorito se centró en los libros de Daniel, en el Antiguo Testamento, y en el Apocalipsis, del Nuevo Testamento, aunque prácticamente analizó,casi desmenuzó, filológica e históricamente todos los textos sagrados que pudo encontrar, ya fueran hebreos, egipcios o babilonios. Newton no creía que fuera posible leer el futuro en la Biblia, puesiría en contra de los designios divinos. Newton negaba el dogma de la trinidad, tomaba a Cristo como enviado de Dios pero no consustancial con el. Llegó a esta conclusión al estudiar la evolución delcristianismo en el Bajo Imperio Romano. Otra de la fijaciones de Newton era el estudio de la cultura egipcia antigua, pues consideraba que sus templos reflejaban grandes conocimientos astronómicos...
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