Problemas Bioquímica

PROBLEMAS DE BIOQUIMICA ESTRUCTURAL
(Grado de Ciencias Biomédicas, Curso 2011-2012)





PROBLEMAS DE PROTEÍNAS


1. ¿Qué secciones de los siguiente polipéptidos α-helicoidales esperaría que fueran más estables? ¿Cuáles serían las menos estables?
LEGVAFAAAVEDPDEGRD
ESDRVAMLDVGTSYFDYWPGFMG

2. En un laboratorio se ha purificado un péptido señalizador celular. Para determinar suestructura primaria se realizaron varios tratamientos del péptido con diferentes proteasas, obteniéndose los siguientes resultados:
a) Carboxipeptidasa: Se libera C
b) Tripsina: se obtiene tres péptidos: MLVR/WC/DK
c) Bromuro de Cianógeno: se libera M un heptapéptido.
Conteste a las siguientes cuestiones razonando brevemente cada una de las respuestas:
a) Determine la secuencia del péptidopurificado
b) Calcule el punto isoeléctrico del péptido
c) Indique como se podría separar bioquímicamente este péptido de otro que tiene 2.000 Da y un punto isoeléctrico de 6.0.
d) ¿Qué le ocurriría al péptido si se incubara en HCl 10N durante 24 horas?
e) Indique si el péptido se podría separar mediante una cromatografía de intercambio iónico de otros dos péptidos que tienen pI de 4,2 y 6,13. Utilizando la información que se detalla a continuación, determine la secuencia de aminoácidos de la encefalina, un opioide que influye en la transmisión nerviosa en ciertas partes del cerebro.
a) La completa hidrólisis con HCl 6M a 110ºC seguida de un análisis de los aminoácidos indicó la presencia de Gly, Leu, Phe y Tyr en una relación molar de 2:1:1:1
b) El tratamiento del péptido con1-fluoro-2,4-dinitrobenceno seguido de una hidrólisis total y cromatografía posterior indicó la presencia de un derivado 2,4-dinitrofenilado de la Tyr. No se encontró Tyr libre.
c) La digestión completa del péptido con quimotripsina seguida de cromatografía dio lugar a Tyr y Leu, además de un tripéptido conteniendo Phe y Gly con una relación 1:2.

4. Al tratar con 1-fluoro-2,4-dinitrobenceno unaproteína se obtuvieron 3 derivados dinitrofenilados de Val, Gly y Ala. Tras realizar una electroforesis con SDS se observó una única banda de aproximadamente 2kDa. La digestión con quimotripsina tras el tratamiento de la proteína con DTT rindió los siguientes fragmentos:
Gly-Ala-Lys-Val-Tyr; Val-Lys-Phe; Pro-Cys-Ser-His; Ala-Met-Cys-Arg-Tyr; Cys y Ala-Cys
Mientras que la digestión con tripsinaen un medio con DTT dio lugar a los siguientes péptidos:
Ala-Met-Cys-Arg; Gly-Ala-Lys; Phe-Pro-Cys-Ser-His; Tyr-Cys; Val-Tyr-Ala-Cys; Val-Lys
Teniendo en cuenta todos los resultados obtenidos con las distintas aproximaciones conteste a las siguientes preguntas:
a) Deduzca la organización de la proteína.
b)¿Qué se obtendría si se sometiera esta proteína a una electroforesis con SDS y DTT?.Indique el tamaño de la banda o bandas esperadas.
c) ¿Sería hidrolizable con Bromuro de cianógeno?


5. Si un tripéptido está formado por los aminoácidos Asp, Ser y Arg y su punto isoeléctrico es 6,4, deducir que aminoácidos estarían situados en los extremos amino y carboxilo.

6. Tras realizar una cromatografía de filtración o exclusión molecular se concluye que la proteína P69 posee una masamolecular de 400kDa. Cuando se realiza una electroforesis en presencia de SDS, la proteína da tres bandas con masas moleculares de 180, 160 y 60 kDa. Si se realiza una electroforesis en presencia de SDS y DTT, se obtienen de nuevo tres bandas, pero esta vez sus masas moleculares son de 160, 90 y 60 kDa. Determine la composición de las subunidades que forman la proteína.


PROBLEMAS DE ENZIMAS1. En el estudio de la hidrólisis del hipurato de p-nitrofenilo, catalizada por la papaína, se determinó que el Nbenzoilamino acetaldehído (NBA) era capaz de actuar como un inhibidor, según reflejan los datos de la siguiente tabla:

|Concentración de S (nM) hipurato de |1/ Vo (nmol-1 litro min) |1/ Vo (nmol-1 litro min) |
|p-nitrofenilo...