Sitios de secuancia etiqueteada

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Tecnologías de marcadores moleculares para estudios de diversidad genética de plantas: Módulo de aprendizaje
Tecnologías basadas en el ADN

Tecnologías basadas en la PCR
Sitios de secuencia etiquetada
(Microsatélites, SCAR, CAPS, ISSR)

Derechos de Autor: IPGRI y Cornell University, 2003

STS 1

Contenido
Sitios de secuencia etiquetada (STS) como marcadores Microsatélites (SSR, STMSo SSRP)
• • • • • • • Identificación de las regiones de microsatélite Estructura Selección de los cebadores Metodología y visualización Equipo Ventajas y desventajas Aplicaciones de los SSR y ejemplos

SCAR CAPS ISSR
Derechos de Autor: IPGRI y Cornell University, 2003 STS 2

Sitios de secuencia etiquetada (STS) como marcadores
A diferencia de las técnicas basadas en cebadores arbitrarios,los STS dependen de un cierto conocimiento de las secuencias Los marcadores basados en STS son codominantes Tienden a ser más reproducibles porque se usan secuencias cebadoras más largas Requieren, básicamente, los mismos protocolos de laboratorio y el mismo equipo que la PCR estándar
Derechos de Autor: IPGRI y Cornell University, 2003 STS 3

A diferencia de la PCR con cebadores arbitrarios, eldiseño de los cebadores para detectar sitios de secuencia etiquetada (STS) está basado en cierto conocimiento de las secuencias. Estos cebadores son únicos y específicos de las secuencias, y detectan variación en el ADN genómico alélico. Los STS tienen una ventaja especial sobre los RAPD por ser codominantes, o sea, pueden distinguir entre los homocigotos y los heterocigotos. Tienden también aser más reproducibles, porque las secuencias de los cebadores son más largas. Tienen, sin embargo, una desventaja: requieren de algún conocimiento preexistente de la secuencia del ADN de la región, aunque sólo sea parcial. Su inconveniente principal es la inversión en esfuerzo y costo que se necesita para diseñar los cebadores específicos de cada locus. Del mismo modo que con los RAPD, el uso de laPCR genera datos rápidamente y requiere poco ADN. Todos los métodos de STS usan los mismos protocolos básicos que usan los RAPD (extracción de ADN y PCR) y requieren el mismo equipo.

Microsatélites (SSR, STMS o SSRP)
Los microsatélites son secuencias cortas (1-10 pb) que se repiten en serie Para poder usarlos como marcadores, debe identificarse, en primer lugar, su ubicación en el genoma deinterés Los polimorfismos en la región repetida se pueden detectar mediante una PCR con cebadores diseñados a partir de la región del ADN adyacente a la repetición

Derechos de Autor: IPGRI y Cornell University, 2003

STS 4

Los microsatélites también se llaman repeticiones de secuencia simple (SSR) y, ocasionalmente, sitios de microsatélite de secuencia etiquetada (STMS) o polimorfismo derepeticiones de secuencia simple (SSRP). Son con mucho el tipo de STS que más se usa. Los SSR son repeticiones cortas en serie cuya longitud está entre 1 y 10 pb; los más típicos miden de 2 a 3 pb. Son altamente variables y están distribuidos por igual en todo el genoma. Este tipo de ADN repetitivo es común en organismos eucariotas, y el número de unidades repetidas varía ampliamente entre losorganismos, hallándose en algunos hasta 50 copias de la unidad repetida. Para identificar estos polimorfismos, se construyen cebadores de PCR para la región del ADN que flanquea el microsatélite. Las regiones adyacentes a los microsatélites tienden a conservarse dentro de las especies, aunque a veces se conservan también en niveles taxonómicos mayores. Referencia Hajeer, A., J. Worthington y S. John(eds.). 2000. SNP and microsatellite genotyping: Markers for genetic analysis. En: Biotechniques: Molecular laboratory methods series. Eaton Publishing, Manchester, U.K.

Identificación de regiones microsatélite
Secuencias disponibles en las bases de datos No hay secuencias disponibles en las bases de datos

Identificar las secuencias que contienen microsatélites

Usar microsatélites...
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