taller de bioinformatica
TALLER DE BIOINFORMÁTICA
“Análisis y comparación de
Secuencias”
Ana Martín Gómez Grupo CAnálisis por traducción de una secuencia de DNA desconocida
- ¿Cuálcrees que será el polipéptido codificado por esta secuencia de
DNA?
5'3' Frame 3
MEEPQSDPSVEPPLSQETF
SDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPATPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAK
TCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEG
NLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPK
KKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSR
HKKLMFKTEGPDSD-
Esta secuencia la pegamos en la ventana de búsqueda y pulsa “Run Blast”, y podremos averiguar de quéproteína se trata, en este caso es la proteína p53.
La secuencia de los 10 primeros residuos del extremo N-terminal de la proteína es:
MEEPQSDPSV
Principales propiedades moleculares:
Number of aminoacids: 393
Molecular weight: 43742.2
Theoretical pI: 6.47
Amino acid composition:
Ala (A) 23 5.9%
Arg (R) 27 6.9%
Asn (N) 14 3.6%
Asp (D) 20 5.1%
Cys (C) 10 2.5%
Gln(Q) 15 3.8%
Glu (E) 30 7.6%
Gly (G) 23 5.9%
His (H) 12 3.1%
Ile (I) 8 2.0%
Leu (L) 32 8.1%
Lys (K) 20 5.1%
Met (M) 12 3.1%
Phe (F) 11 2.8%
Pro (P) 44 11.2%
Ser(S) 38 9.7%
Thr (T) 23 5.9%
Trp (W) 4 1.0%
Tyr (Y) 9 2.3%
Val (V) 18 4.6%
Pyl (O) 0 0.0%
Sec (U) 0 0.0%
Proteína p53
La proteína p53 es una fosfoproteína formadapor 393 aminoácidos y 3 dominios:
Un dominio de activación de factores de transcripción.
Un dominio que reconoce la secuencia específica del ADN (dominio central).
Un dominio carboxilo-terminal(C-).
El 80% de las mutaciones puntuales de p53 que se detectan en los cánceres humanos están localizadas en el dominio de unión a ADN de la proteína.
Alineamiento de secuencias. Ejemplo con...
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