En la época en la que Mendel realizó sus investigaciones no se conocían los genes ni el papel de la meiosis en la herencia de los caracteres.
En 1902, W.S. Sutton en Estados Unidos y T.Boveri en Alemania, propusieron la hipótesis de que los factores hereditarios de Mendel se localizaban en los cromosomas, ya que creían que la separación de los cromosomas durante la meiosisera la base para explicar las leyes de Mendel.
En 1911, T.H. Morgan, después de realizar numerosos experimentos con la mosca de la fruta o del vinagre (Drosophila melanogaster) concluyó quelos genes se localizan en los cromosomas y, por tanto, los genes que están en el mismo cromosoma tienden a heredarse juntos, y se denominan por ello genes ligados.
Posteriormente se observóque caracteres ligados, en un pequeño número de individuos, se heredaban separados, lo cual no concordaba con la teoría cromosómica, pero tampoco cumplía la predicción mendeliana de totalindependencia en su transmisión. Esto hizo suponer a Morgan que los genes se disponen linealmente en los cromosomas, y los cromosomas se pueden entrecruzar (sobrecruzamiento de cromátidas enla meiosis) intercambiando fragmentos (recombinación génica). Nace así la teoría cromosómica de la herencia, la cual ha tenido aportaciones posteriores, y hoy día puede resumirse en lossiguientes postulados:
a. Los factores (genes) que determinan los factores hereditarios del fenotipo se localizan en los cromososmas.
b. Cada gen ocupa un lugar específico o locus (en plurales loci) dentro de un cromosoma concreto.
c. Los genes (o sus loci) se encuentran dispuestos linealmente a lo largo de cada cromosoma.
d. Los genes alelos (o factores antagónicos) seencuentran en el mismo locus de la pareja de cromosomas homólogos, por lo que en los organismos diploides cada carácter está regido por una par de genes alelos.

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