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Páginas: 2 (378 palabras)
Publicado: 27 de mayo de 2013
NATHALY VARGAS TORRES
CÓDIGO: 1066132
BIOINFORMÁTICA
UNIVERSIDAD DE SAN BUENAVENTURA
TALLER.
1. QUE TIPO DE ALINEAMIENTO EMPLEA EL SISTEMA BLAST
EL ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS ES DE TIPOLOCAL, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que seencuentren en una base de datos.
2. DIFERENCIA ENTRE PROTEINA HIPOTETICA Y PUTATIVA
PROTEÍNAS "HIPOTÉTICAS" fueron descubiertas en la revolución genómica de finales de los 90 del siglo XX, sobre lasque no se conoce información en absoluto con la excepción de sus secuencias de aminoácidos.
3. EN QUE CONSISTE LA MATRIZ PAM y BLOSUM
Las matrices PAM se basan en un modelo evolutivo explícitoque asume que los intercambios entre aminoácidos ocurren bajo un proceso de Márkov que independiza los cambios en una determinada posición de los posibles cambios acaecidos previamente en ese mismolugar, y que luego (puesto que se asume que estos cambios son de los primeros en ocurrir al considerar secuencias con un muy alto grado de similitud) se extrapolan para contemplar mayores distanciasevolutivas, mientras que las matrices BLOSUM no se basan en ningún modelo explícito de evolución, y consideran secuencias de proteínas empíricamente relacionadas que comparten un antepasado común.2
Lasmatrices PAM se basan en mutaciones observadas a través de un alineamiento global; esto incluye tanto regiones altamente conservadas como regiones mutables. Las matrices BLOSUM están basadas sólo enregiones altamente conservadas en series de alineamientos en los que no deben existir huecos (gaps).
El método utilizado para considerar las sustituciones es diferente: al contrario que en la matrizPAM, el procedimiento de BLOSUM usa grupos de secuencias dentro de los cuales no todas las mutaciones ponderan igual.
4. QUE ES MARCO DE LECTURA ABIERTA O ORF
secuencia de ADN comprendida entre un...
CÓDIGO: 1066132
BIOINFORMÁTICA
UNIVERSIDAD DE SAN BUENAVENTURA
TALLER.
1. QUE TIPO DE ALINEAMIENTO EMPLEA EL SISTEMA BLAST
EL ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS ES DE TIPOLOCAL, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que seencuentren en una base de datos.
2. DIFERENCIA ENTRE PROTEINA HIPOTETICA Y PUTATIVA
PROTEÍNAS "HIPOTÉTICAS" fueron descubiertas en la revolución genómica de finales de los 90 del siglo XX, sobre lasque no se conoce información en absoluto con la excepción de sus secuencias de aminoácidos.
3. EN QUE CONSISTE LA MATRIZ PAM y BLOSUM
Las matrices PAM se basan en un modelo evolutivo explícitoque asume que los intercambios entre aminoácidos ocurren bajo un proceso de Márkov que independiza los cambios en una determinada posición de los posibles cambios acaecidos previamente en ese mismolugar, y que luego (puesto que se asume que estos cambios son de los primeros en ocurrir al considerar secuencias con un muy alto grado de similitud) se extrapolan para contemplar mayores distanciasevolutivas, mientras que las matrices BLOSUM no se basan en ningún modelo explícito de evolución, y consideran secuencias de proteínas empíricamente relacionadas que comparten un antepasado común.2
Lasmatrices PAM se basan en mutaciones observadas a través de un alineamiento global; esto incluye tanto regiones altamente conservadas como regiones mutables. Las matrices BLOSUM están basadas sólo enregiones altamente conservadas en series de alineamientos en los que no deben existir huecos (gaps).
El método utilizado para considerar las sustituciones es diferente: al contrario que en la matrizPAM, el procedimiento de BLOSUM usa grupos de secuencias dentro de los cuales no todas las mutaciones ponderan igual.
4. QUE ES MARCO DE LECTURA ABIERTA O ORF
secuencia de ADN comprendida entre un...
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