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3er Semestre
Grupo B
2010
Práctica 5: Diseño y análisis de cebadores y amplicones para PCR en tiempo real
Laboratorio de Genómica

Proteína: Rodopsina.
Pasos para obtener la secuencianucleotídica:
1. Ir al sitio http://www.ncbi.nlm.nih.gov
2. En la parte superior de la ventana donde dice “Search”: Seleccionar NUCLEOTIDE
3. Escribe el nombre de la proteína de interés:Rhodopsin.
4. Dar click en Search.

Seleccionar Nucleotide en la 4 fila a la izquierda.

Seleccionar la Rodopsina para ser humano (RHO):

Bajar a la sección de mRNA & protein(s).

Una vezestando en esa sección dar click en: Consensus CDS: CCDS3063.1

A continuación en esta página buscar la secuencia de nucleótidos:

Copiar la secuencia de nucleótidos:

Pasos para la obtención deprimers
1. Ve al sitio: http://frodo.wi.mit.edu/primer3
a) Pega la secuencia nucleotídica de la rodopsina en el espacio correspondiente
b) Verificar que esté seleccionado: Pick left primer yPick right primer.
c) En el “rango de tamaño de producto” escribir: 80-250

d) Primer size: 17 a 24
e) Cantidad de GC: 20 – 50%
f) Clic en: Pick primers

2. A continuación tomaremos el primerprincipal y los siguientes 2

Verificación de estructuras secundarias del primer
1. Copiar la secuencia de nucleótidos del primer izquierdo
2. Ir al sitiohttp://mfold.bioinfo.rpi.edu/cgi-bin/dna-form1.cgi
a) Pegar la secuencia del primer en el sitio correspondiente
b) Determinar 60 °C como temperatura de Fold
c) Designar como condiciones: 50 mM de Na+ y 3 mM de Mg+
d) Dar clic enFold DNA

3. A continuación aparecerán las posibles estructuras secundarias.

4. Realizar el mismo procedimiento para analizar estructuras secundarias de los otros primers.

Pasos para analizarestructuras secundarias del amplicón resultado de los primers.
1. Localizar en la página donde se encuentran los primers la secuencia de su respectivo amplicón. La secuencia estaría desde donde...
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