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Esta película nos remota a el siglo lV en Alejandría, el cual está bajo el imperio Romano. A finales de los años 300, esta ciudad lucha para tratar de liberarse del imperio Yugo Romano. Hipatia eshija de un gran filósofo matemático llamado Teon, enseña a sus discípulos las doctrinas de Platón y Aristóteles.
El padre de Hipatia y su eterno enamorado Davo son politeístas y en Alejandría hay unaguerra entre los monoteístas y los politeístas, terminaron ganando los monoteístas. A los politeístas los castigaban asesinándolos de forma cruel por adorar a sus Dioses o convertidos en cristianospara no morir.
Cuando Davo se encuentra confundido por la religión a la que debe pertenecer le confiesa al padre de Hipatia que es cristiano, Teon le pega con un látigo. En la noche Hipatia fue acurarlo. Oretes, era un discípulo y un día le declaro su amor a Hipatia con una canción.
Los politeístas se hartan de la forma en la que los tratan los cristianos, llegaron al centro con sus armas yempezaron a atacar a los cristianos pero eran más los cristianos y los llevaron a la biblioteca de Alejandría. Davo golpeo a el padre de Hipatia y los cristianos al ver que golpeo a un politeísta decidenpedir permiso para entrar a la biblioteca, al enterarse los politeístas huyen de la biblioteca. Los cristianos tomaron el mando de Alejandría y surge la religión de los judíos.
Hipatia se convirtió enuna gran filosofa junto con Orestes, estudio sobre los movimientos de la tierra y llego a la conclusión de que la tierra no es el centro del universo, que es el sol y que la tierra gira alrededor de ély esta hace con un movimiento elíptico.
El obispo de la iglesia dice que Hipatia se tiene que bautizar ya que si no lo hacía sería considerada como bruja y tenía que morir. Al negarse ordenan que ladesvistan y es paseada por todo el pueblo. Davo trata de salvarla pero ya era muy tarde, ella pide que la maten a pedradas Davo ordena que vayan por las piedras y él se queda con ella, se despide y...