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 zonas donde no estaba presente el ejército francés acataron las órdenes de las autoridades junteras. Las Juntas Locales y Provinciales enviaron 2 representantes cada una para formar la Junta Central Suprema (septiembre 1808-1810) que se convierte en el órgano de gobierno representante de la voluntad del pueblo español. Esta Junta, presidida por Floridablanca, reconocía como rey a Fernando VII yconsideraba que estaba prisionero de los franceses. Este movimiento juntero era partidario de la independencia política pero también reconocía la necesidad de reformas económicas y sociales profundas. Se había producido una auténtica revolución: el pueblo y las juntas se declaran soberanas, con capacidad para firmar tratados, hacer leyes, recaudar impuestos y dirigir la guerra.
Este mismomovimiento de formación de juntas se produjo en las colonias americanas. Las juntas enviaron a la península a sus representantes y apoyaron el esfuerzo bélico contra los franceses. Posteriormente constituyeron el germen de la Emancipación.
La Guerra de la Independencia no es solo una guerra contra un ejército invasor sino que adquiere notas de una guerra civil. A José I le apoyaron los llamadosafrancesados, ilustrados, altos mandos del ejército y autoridades, que ante la imposibilidad de aplicar las reformas, vieron la oportunidad de reformar el país con el apoyo del ejército francés y la Constitución de Bayona (1808). Esta no es una auténtica Constitución sino una carta otorgada que había sido elaborada por Napoleón y José I en la que se concedía algunos derechos (libertad de imprenta,inviolabilidad del domicilio...), suprimía privilegios reales y nobiliares y mantenía a la religión católica como la única permitida. Entre estos afrancesados hubo muchas autoridades y altos mandos del ejército.
Frente a los afrancesados surgió el bando de los patriotas. Este era un grupo heterogéneo que únicamente tenía en común el deseo de independencia y del regreso de Fernando VII. Dentro de lospatriotas hay grupos de absolutistas, partidarios de la unión del Trono y Altar y de un regreso a las fórmulas sociales y económicas del Antiguo Régimen. También existían liberales, partidarios de acabar con la sociedad del Antiguo Régimen que veían en la revolución de Francia un ejemplo a imitar. Hubo así mismo grupos de ilustrados moderados, partidarios de una reforma lenta de las estructuras. Lasmasas de clases urbanas populares y de campesinos estaban instigadas por un clero reaccionario, cuyo fin era la destrucción de los franceses y el ataque a los grupos privilegiados afrancesados. Todos estos grupos de patriotas estuvieron presentes en el movimiento juntero y propugnaban el regreso de Fernando VII “el Deseado” como rey de España.
En la Guerra de Independencia se distinguen tresfases:
1ª Fase: junio- octubre 1808. Los sitios y las victorias españolas.
Los ejércitos franceses se veían incapaces de controlar todas las plazas fuertes (sitios de Zaragoza, Gerona y Valencia). Las milicias catalanas derrotan a los franceses en Los Bruchs. El ejército regular español derrota a los franceses en Bailén (9 de agosto) y marcha sobre Madrid. José I tiene que refugiarse en el nortepeninsular.
2ª Fase: noviembre 1808-1812. Contraofensiva y victorias francesas.
Napoleón entró en España al frente de la Grande Armée, derrotó a los ejércitos españoles y repuso a José I en el trono de Madrid.
Por su parte, la Junta Central Suprema entabló negociaciones con el Reino Unido para conseguir apoyo y entrenamiento militar: desembarcaron en la península Wellington para apoyar la defensa deLisboa y Moore para ayudar a la defensa de Galicia.
Los ejércitos franceses fueron ocupando las plazas más importantes. En 1811 habían ocupado todas las ciudades importantes salvo Cádiz, que estaba defendida por una escuadra británica. Paralelamente a esta ocupación militar del territorio, el gobierno de José I llevaba a cabo una labor legislativa de abolición de la Inquisición, de la sociedad...