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La Empresa estará bajo el control de un Gerente general el cual tendrá que realizara las siguientes funciones.
- Dirigir, coordinar, supervisar y dictar normas para el eficiente desarrollo delas  actividades de la Entidad en cumplimiento de las políticas adoptadas por la Junta Directiva.
- Presentar a la Junta Directiva los planes que se requieran para desarrollar los programas de laEntidad en cumplimiento de las políticas adoptadas.
- Someter a la aprobación de la Junta Directiva, el proyecto de presupuesto de ingresos y gastos de cada vigencia fiscal, así como los estadosfinancieros periódicos de la Entidad, en las fechas señaladas en los reglamentos.
- Presentar a la Junta Directiva para aprobación,  los planes de desarrollo a corto, mediano y largo plazo.
-Someter a la aprobación de la Junta Directiva los proyectos del presupuesto de  inversión y las operaciones comprendidas dentro de su objeto social, que así lo requieran.
Asesor legal el cual: Brinda lacolaboración necesaria para que todos los actos que lleva a cabo el sistema de investigación se encuentren dentro de los parámetros legales. Trámite de convenios y contratos. Consultas sobre lapropiedad intelectual y aspectos legales de la transferencia de tecnología. Asuntos relacionados con trabajos finales de graduación (evacuación de consultas o capacitación).
Trámite y seguimiento deprocesos judiciales relacionados con órganos del Sistema de Investigación.
A cargo del gerente general se encuentran cuatro gerentes más donde se encuentra el gerente de administración, gerente definanzas, gerente técnico y gerente comercial.
A cargo del gerente administración están los departamentos de compra, departamento de personal, departamento de seguridad y departamento de sistemas.
A cargodel gerente de finanzas están los departamentos de contabilidad y el departamento de crédito y cobros.
A cargo del gerente técnico están los departamentos de diseño y el departamento de diseño.
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