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Durante su trabajo en la clandestinidad, consiguió tejer una importante red de espionaje para hacer llegar información al otro lado de la cordillera, lugar donde el Ejército Libertador preparaba suincursión a Chile. El 4 de enero de 1817 asaltó la ciudad de Melipilla y atacó y tomó San Fernando el 12 de febrero del mismo año, acción que desvió la atención de una parte de las fuerzas realistasante la llegada del Ejército de los Andes. Tras el triunfo de los patriotas en Chacabuco (12 de febrero de 1817), fue arrestado por orden de Bernardo O’Higgins bajo la acusación de sobrepasarse en susatribuciones en la provincia de Colchagua, cuestión que en el fondo era sólo un pretexto pues sabían que Rodríguez se oponía a muchos de sus planes, especialmente los que iban en contra de los hermanosCarrera. El guerrillero logró huir de la cárcel y mantenerse oculto hasta la llegada del general San Martín, que intervino por él y le confirió, además, el grado de Teniente Coronel. Posteriormentese le trató de alejar del país ofreciéndole cargos oficiales que nunca aceptó. Más adelante volvió a ser encarcelado bajo la acusación de conspiración, pero después de unos meses de prisión fueliberado y nombrado Auditor de Guerra, cargo del que se le separó al poco tiempo para enviarlo en una misión a Buenos Aires, la que tampoco prosperó. Tras el desastre de Cancha Rayada formó el escuadrón delos “Húsares de la Muerte”.

Tras el triunfo de Maipú, fueron fusilados, en Mendoza, Juan José y Luis Carrera, provocando la protesta de todo un sector de la población. Los sucesos en Chile setornaron desordenados y confusos. Los Húsares fueron acusados de indisciplina, desórdenes y diversas tropelías, ordenándose su disolución. Ante este ambiente de conflicto los opositores al gobierno deO’Higgins promovieron entre la gente la idea de un Cabildo abierto, el que fue convocado para el día 17 de abril (1818). Después de algunas discusiones se decidió nombrar una comisión que se encargaría...