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En nuestro organismo habitan más de 100 billones de bacterias(equivalentes aproximadamente a dos kilos) que viven en nuestro interior de forma simbiótica con nuestro organismo. Es decir, lasbacterias se aprovechan de nosotros y nosotros de ellas. Ese número enorme de bacterias, mayor que el número de células que tenemos en todo el cuerpo, realizan una serie de funciones beneficiosas paranosotros que sin ellas probablemente nuestra existencia correría peligro. El beneficio de estas bacterias vivir en nuestro interior es el de alimentarse. A cambio ellas nos proporcionan la posibilidad deaprovechar algunos residuos de la dieta que no podemos absorber y que las bacterias transforman en nuestro interior para que podamos utilizarlos. Además, potencian nuestro sistema inmunológicofabricando incluso vitaminas, como  vitaminas del complejo B (vitaminas principalmente relacionadas con el metabolismo). También estas bacterias generan un hábitat estable a su alrededor impidiendo que lasbacterias patógenas puedan entrar en esas lugares y los colonicen causándonos enfermedades. Por ejemplo, en el colón existen unas zonas llamadas criptas donde se localizan células inmunológicas queprotegen a nuestro intestino. Algunas bacterias de las que viven en nuestro interior tienen estas zonas de las criptas intestinales como su hábitat, potenciando la labor inmunológicas de las células delintestino que allí residen. 
Otra pregunta que se hacen los investigadores es como nuestro sistema inmunológico distingue una bacteria amiga de una que intenta dañar nuestro organismo. Por ejemplo,si comemos un alimento con Salmonella, nuestro sistema inmune. Pues se piensa que las bacterias que viven con nosotros son ellas las que hacen que el sistema inmunitario no reaccione contra ellasenviando señales a nuestros linfocitos (muchas veces las señales son azúcares que producen las propias bacterias) para que estos no puedan activarse. Una bacteria extraña como la Salmonella sus señales...