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Chavín fue sucedida por los primeros Estados militarizados de las culturas Moche al norte y Nazca al sur, surgidos en paralelo al ascenso de Tiahuanaco en el Altiplano. Hacia elaño 600, surge en la zona de Ayacucho la cultura Huari, cimentada en desarrollo de la andenería para el cultivo del maíz, la cual mostró un desarrollo urbanístico y una notableinfluencia Nazca y Tiahuanaco. Huari se expandió progresivamente por los Andes al norte hasta Cajamarca. A inicios del II milenio el poder político se fraccionó dando origen variosestados centralistas como Lambayeque y Chimú en el norte y Chincha en el sur. Éste último artículo una vasta red de comercio desde el Ecuador hasta el Altiplano. En 1438, el Imperioincaico inicia su expansión hasta dominar, hacia el siglo XVI, el territorio más extenso en el hemisferio occidental.

En 1532, aconteció la Conquista del Perú, conducida porFrancisco Pizarro con apoyo de algunos pueblos disidentes del incanato, sucedida por las guerras civiles entre conquistadores hasta el definitivo establecimiento del Virreinato del Perúen 1572. La llegada de los españoles y la era colonial significó la introducción de la Iglesia católica y un intenso mestizaje entre españoles, indios y negros trasladados encalidad de esclavos desde África. Durante el siglo XVII, la explotación minera dominó la economía mercantilista del virreinato, especialmente alrededor de Potosí.

La implementaciónde las agresivas Reformas Borbónicas en el siglo XVIII fomentaron sucesivas rebeliones que desembocaron en la violenta Rebelión de Túpac Amaru II (1780-1781). La invasión francesaen España fomentó las ideas libertarias en el Perú, que declaró su Independencia en 1821 y la consolidó en 1824 con la ayuda de los movimientos libertadores del sur y del norte.