agarosa

La agarosa puede se utilizada como soporte para la corrida electroforética. La agarosa es un polisacárido extraído de algas marinas que tiene la propiedad de mantenerse en estado sólido atemperatura ambiente pero que a altas temperaturas se torna líquida. Esta característica permite una fácil preparación de una matriz porosa para ser usada en electroforesis: simplemente se pesa la cantidad deagarosa requerida, se disuelve en un amortiguador adecuado, se calienta y se “chorrea” sobre un molde particular. Una ventaja que posee la agarosa sobre la acrilamida es que no es un compuesto tóxico yademás permite el análisis de ácidos nucleicos con pesos moleculares muy variados. Sin embargo, su poder de resolución es menor que el de los geles de poliacrilamida.
La concentración de agarosatípicamente utilizada para electroforesis está entre el 0.5 % y el 2%. La concentración a usar se escoge según el tamaño del ácido nucleico a analizar. Esto porque la concentración de agarosa define eltamaño de los poros de la matriz, a mayor concentración, menor el tamaño de los poros y viceversa. Durante la electroforesis, los ácidos nucleicos lineales con un alto peso molecular migrarán al ánodomás lentamente que ácidos nucleicos lineales con un menor peso molecular. La razón de esto es que los ácidos nucleicos de alto peso tardan más tiempo en atravesar los poros de agarosa. En el caso deácidos nucleicos no linealizados, como plásmidos circulares en conformación nativa, la migración no solo dependerá del peso molecular sino también de otros aspectos como el grado de superenrrollamientoque éste poseea. Generalmente en una preparación de plásmido se pueden observar distintas conformaciones de la misma molécula, la forma superenrrollada, la forma semi relajada y una relajada.Dependiendo de las condiciones externas como pH y salinidad se pueden observar todas las formas o solo una (s).
Una electroforesis típica consiste de los siguientes pasos:
1. Preparar un gel de agarosa...