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Sistema montañoso
Cerro de Manjuy. Vista Sur-Norte.

Al encontrarse en uno de los extremos del altiplano, Facatativá no solo es una ciudad de planicie, sino que en sus bordes sur y occidental presenta una serie deondulaciones. En ellos se se ubican los puntos en que nacen los ríos y arroyos que bañan esta tierra. Algunos son ricos en flora y fauna, presentan ecosistemas propios del páramo aun sin casi ninguna intervención del hombre.
Borde Sur

Los cerros del borde sur se encuentran poblados (su parte oriental forma parte de la zona urbana o esta en el plan de desarrollo territorial). Son conocidos por haber sidoel primer asentamiento humano en Facatativá. Además, en ellos se presenta el punto más alto de la ciudad en el Cerro de Manjuy (a 3200msnm).

Éstos forman una pequeña cordillera que va de occidente a oriente, y separan al municipio de sus pares del sur. La mayor parte de los cerros está destinada a la agricultura, la ganadería y la minería.
Borde Occidental

Los cerros del borde occidentalllevan una dirección de sur-norte, sin embargo, sus alturas más relevantes se encuentran en el extremo sur, ubicación en la cual nacen los ríos que suministran el agua potable a la población, presentan un clima de páramo y un paisaje de bosques de niebla. Estos cerros, en su mayoría, se encuentran protegidos, no solo por el nacimiento de las aguas, sino por su gran variedad en flora y fauna que enocasiones llega a ser única. Por decreto municipal, se prohíbe en ellos, la construcción, la minería, la agricultura, la ganadería, la tala de árboles y la caza.

Presentan una serie de caminos reales que conducen a los pueblos aledaños siendo lugares altamente turísticos por sus condiciones particulares.
Cerro de Mancilla

Este cerro, se encuentra fuera de la pequeñas cordilleras, esta rodeadopor las planicies de la sabana, tiene una altura de 2939 msmn y presenta un paisaje de semi-páramo. Nacen allí, algunos arroyos que en su mayoría riegan las tierras del norte facatativeño. Hoy, se encuentra en discusión su utilización para fines humanos o su conservación en estado natural, dado que, se encuentra protegido a partir de los 2800 metros.
Clima

Por su altitud, Facatativá presentaun clima frío que tiene como temperatura media anual los 14 °C. Sin embargo, presenta dos épocas de "heladas", la primera desde diciembre hasta marzo y la segunda en julio y agosto; en estos dos periodos, se presenta durante el día una temperatura de hasta 22 °C, pero en la noche una temperatura media de 0°C, a excepción de los meses de diciembre y enero, cuando la temperatura nocturna promedio esde -9 °C.

El clima de la ciudad se caracteriza por lluvia abundante, aunque usualmente, durante los meses de mayo, junio, julio y agosto, se presenta la temporada seca.
Límites del municipio

Facatativá limita por el norte con los municipios de Sasaima, La Vega (Cundinamarca), y San Francisco de Sales (Cundinamarca); por el sur, con Zipacón, Bojacá y Anolaima; por el oriente con Madrid...