Algoritmos de programación

DISCUSIÓN el algoritmo de programación dinámico [ecuación (3)] es una variante del algoritmo de Sankoff (Sankoff, 1985) para alinear y plegable dos secuencias de ARN simultáneamente. La idea principal de nuestra aplicación es que evitemos implementando el modelo termodinámicos sofisticada basada en bucles para ARN plegables confiando en su lugar en un análogo más simple del problema que emparejacircular ponderado de Nussinov (Nussinov et al., 1978). Sin embargo, nuestro enfoque incluye información termodinámica de las moléculas de ARN mediante las matrices de la probabilidad de base pares PA y PB que se utilizan como entrada. Otra ventaja sobre programas combinados de alineación y plegable es el hecho de que la entrada de emparejamiento matrices puede ser computada independientemente.Por ejemplo, uno querer aprovechar los resultados de gsimulations foldin cinética que pueden diferir significativamente de los resultados de la termodinámica de equilibrio para algunas moléculas.







Figura 2. Estructura de consenso de la región de Ib IRES predijo de cuatro Aphtovirus (y tres secuencias Cardiovirus (, que se encuentra por ejemplo. Todas las estructuras fueron predichaspor el programa RNAalifold de alineamientos múltiples producidos por diferentes métodos como entrada. Arriba a la izquierda: alineación manual tomada, centro superior: alineación de ClustalW, arriba a la derecha: en el modo de alineación similar, abajo a la izquierda: alineación, inferior central: Círculos indican las mutaciones constantes y compensatorias mientras gris letras marcan las mutacionesinconsistentes. Mientras los métodos aproximados MARNA y PMstring producen resultados aceptables, el enfoque puramente basada en cadenas de ClustalW produce un alineamiento de baja calidad en términos estructurales, mostrando muchas mutaciones inconsistentes. Los dos aproximan de metanfetamina.
Alineamientos múltiples estructurales pueden ser analizados por técnicas familiares. Por ejemplo, unprograma de parsimonia puede utilizarse para extraer la información estructural de las relaciones filogenéticas. Puesto que la alineación está construida de tal manera que sólo posiciones impares y pares de bases (es decir, pares de paréntesis) están alineadas con el otro, la versión original del algoritmo Fitch puede utilizarse para obtener resultados significativos parsimonia directamente lascuerdas alineadas punto-paréntesis. Esto efectivamente pesa pares de bases con doble peso en comparación con las posiciones impares. Por ejemplo en la figura 3, el más singular árbol parsimoniosa es {(T1)(T2){(T3)[(T4)(T5)]}} con una puntuación de 13, en comparación con el árbol de la guía se muestra en la figura, {(T1)[(T2)(T3)][(T4)(T5)]}, con una puntuación de 14. Más elaborados esquemas ytécnicas de probabilidad máxima incluso asociadas actuando directamente sobre RNA estructuras secundarias son algorítmicamente un problemática pero exigen el conocimiento detallado de la dinámica del ARN...
Alineaciones de base emparejamiento matrices probabilidad también podrían ser empleadas como parte de un proceso de búsqueda de estructura. Por ejemplo, los motivos de la estructura secundaria localestable en un RNA grande [como computada, por ejemplo mediante el algoritmo de ARN Lfold (Hofacker et al., 2004)] podrían compararse con la base de emparejamiento matrices probabilidad de uno o una colección de secuencias de consulta. Debido al alto coste computacional del algoritmo Sankoff probablemente será necesario seleccionar previamente prometedor candidato secuencias mediante unprocedimiento de búsqueda de patrón. Herramientas como HyPa (Gräf et al., 2001), ARN forester (Höchsmann et al., 2003) o el enfoque de programación dinámica algebraica preconizado en (Meyer y Giegerich, 2002) podrían utilizarse para buscar secuencias de candidato que luego se dobla mediante el algoritmo de McCaskill (e.g. con ARN fold-p) y comparadas con cada individuo o la estructura del consenso de un...