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INVESTIGACIÓN

USO DE MARCADORES SSR PARA IDENTIFICACIÓN
DE GERMOPLASMA DE PAPA EN EL PROGRAMA
DE MEJORAMIENTO DE INIA DE CHILE
Use of SSR markers to identify potato germplasm in the INIA Chile
breeding program
Mónica Mathias R.1 , Boris Sagredo D.2 * , Julio Kalazich B.2
ABSTRACT

RESUMEN

Molecular markers based on Simple Sequence Repeats
(SSR) are a very efficient tool for potato(Solanum
tuberosum L.) genotype identification and can be very
useful for germplasm conservation and management.
With the purpose of incorporate this technology into
the potato breeding program of the National Institute
of Agricultural Research (INIA) Chile, a set of 26 SSR
markers was evaluated on a sample of 71 potato genotypes. Each marker was characterized for number
and combinations ofalleles, scoring quality, polymorphic information content (PIC) and discrimination
power (D). From the total, only 21 SSR markers
showed up scoreable products and the allele number
ranged between 2 and 17. The observed allelic combinations among the different potato genotypes ranged from 2 to 47; however, unique genotypes detected by each SSR marker ranged from 0 to 38. The
observed (Do) andexpected (Dj) discriminatory power
ranged from 0.23 to 0.98 and from 0.43 to 0.92, respectively. The seven SSR markers which showed the
highest Do scores were STM1009 (0.98), STM1020
(0.97), STM0031 (0.97), STM2013 (0.96), STM1008
(0.94), STM1052 (0.93) and STM0019 (0.91). The
STM1009, STM1020 and STM1008 markers are
multi-loci SSR, where each one amplifies more than
one locus of the potatogenome. The utilization of the
multi-loci type of marker, or combinations of several
SSR markers in either PCR-multiplex or pseudo-multiplex reactions, are good options to increase the speed
and reduce the cost of SSR markers application.

Los marcadores moleculares basados en Secuencias
Simples Repetidas (SSR) constituyen una herramienta altamente eficaz para la identificación de genotiposde papa (Solanum tuberosum L.) y pueden ser de
gran utilidad en la conservación y manejo de germoplasma. Con el propósito de incorporar esta tecnología al Programa de Mejoramiento de Papa del Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA) de Chile,
se evaluó un grupo de 26 marcadores SSR sobre una
muestra de 71 genotipos de papa. Cada marcador se
caracterizó según su número de alelos y susrespectivas combinaciones, calidad de lectura, contenido de
información polimórfica (PIC) y poder discriminatorio (D). Del total sólo 21 marcadores SSR mostraron
productos legibles con un número de alelos que varió
entre 2 y 17. Las combinaciones alélicas observadas
variaron desde 2 a 47; sin embargo, los genotipos
únicos detectados por cada marcador fueron desde 0
a 38. El poderdiscriminatorio observado (Do) y esperado (Dj) estuvo entre 0,23 a 0,98 y entre 0,43 a
0,92, respectivamente. Los siete marcadores que presentaron mayor Do fueron STM1009 (0,98), STM1020
(0,97), STM0031 (0,97), STM2013 (0,96), STM1008
(0,94), STM1052 (0,93) y STM0019 (0,91). Los marcadores STM1009, STM1020 y STM1008 corresponden a SSR multi-loci, donde cada uno amplifica más
de un locus desde distintasregiones del genoma de la
papa. La utilización de este tipo de marcadores
multi- loci , o de combinaciones de varios SSR en
reacciones de PCR-múltiplex o pseudos-múltiplex son
una buena alternativa para aumentar rapidez y disminuir costo en la aplicación de marcadores SSR.

Key words: Solanum tuberosum, microsatellite, DNAfingerprint.

Palabras clave: Solanum tuberosum, microsatélites,huella digital de ADN.

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Instituto de Investigaciones Agropecuarias, Centro Regional de Investigación Carillanca, Casilla 58-D, Temuco, Chile.
Instituto de Investigaciones Agropecuarias, Centro Regional de Investigación Remehue, Casilla 24-D, Osorno, Chile.
E-mail: bsagredo@inia.c *Autor para correspondencia.
Recibido: 15 de marzo de 2006. Aceptado: 18 de julio de 2006.

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