Alineamiento de secuencias
Páginas: 4 (819 palabras)
Publicado: 8 de mayo de 2011
ESCUELA POLITECNICA DEL EJÉRCITO
BIOINFORMATICA
MARCO TEORICO
Una secuencia es una serie de elementos encadenados uno detrás de otros, ésos elementos pueden ser ya sean bases de nucleótidosque se encuentran formando parte del DNA (Adenina – A, Timina – T, Citosina – C, Guanina - G); o bien pueden ser aminoácidos que conforman una proteína.
El alineamiento de secuencias es probablementela herramienta más utilizada en bioinformática. Su objetivo es alinear dos o más secuencias (de DNA o proteínas) de forma que puedan destacarse las regiones similares entre las moléculas.
Elalineamiento de secuencias tiene una gran importancia, ya que, permite la detección de homología entre distintas secuencias, y además permite la construcción de un modelo estructural, y también encontrarla relación familiar o filogenético entre dichas secuencias, de la misma forma puede emplearse para reforzar la evidencia a favor de alguna respuesta biológica conocida, pero para la que todavía no seha identificado un receptor. Desde un punto de vista de la biología molecular, esta información representa una oportunidad para la clonación de nuevos receptores humanos empleando los datos de otroorganismo como molde.
Al determinar si una secuencia desconocida es similar, en algún sentido, a secuencias conocidas (e idealmente de estructura y función conocidas) podremos identificarla ypredecir su estructura y función.
Todas las bases de datos que emplean el mecanismo de alineamiento de secuencias, van a hacer uso exclusivo de algoritmos diseñados con programas para que realicen elalineamiento. Es importante conocer la diferencia entre algoritmo y programa, el algoritmo es un conjunto de pasos que definen cierto proceso computacional y el programa es la implementación de unalgoritmo pero puede haber muchas implementaciones dentro del mismo algoritmo.
Los algoritmos de hoy en día funcionan bastante bien para encontrar secuencias similares que puedan ser homólogas de la...
BIOINFORMATICA
MARCO TEORICO
Una secuencia es una serie de elementos encadenados uno detrás de otros, ésos elementos pueden ser ya sean bases de nucleótidosque se encuentran formando parte del DNA (Adenina – A, Timina – T, Citosina – C, Guanina - G); o bien pueden ser aminoácidos que conforman una proteína.
El alineamiento de secuencias es probablementela herramienta más utilizada en bioinformática. Su objetivo es alinear dos o más secuencias (de DNA o proteínas) de forma que puedan destacarse las regiones similares entre las moléculas.
Elalineamiento de secuencias tiene una gran importancia, ya que, permite la detección de homología entre distintas secuencias, y además permite la construcción de un modelo estructural, y también encontrarla relación familiar o filogenético entre dichas secuencias, de la misma forma puede emplearse para reforzar la evidencia a favor de alguna respuesta biológica conocida, pero para la que todavía no seha identificado un receptor. Desde un punto de vista de la biología molecular, esta información representa una oportunidad para la clonación de nuevos receptores humanos empleando los datos de otroorganismo como molde.
Al determinar si una secuencia desconocida es similar, en algún sentido, a secuencias conocidas (e idealmente de estructura y función conocidas) podremos identificarla ypredecir su estructura y función.
Todas las bases de datos que emplean el mecanismo de alineamiento de secuencias, van a hacer uso exclusivo de algoritmos diseñados con programas para que realicen elalineamiento. Es importante conocer la diferencia entre algoritmo y programa, el algoritmo es un conjunto de pasos que definen cierto proceso computacional y el programa es la implementación de unalgoritmo pero puede haber muchas implementaciones dentro del mismo algoritmo.
Los algoritmos de hoy en día funcionan bastante bien para encontrar secuencias similares que puedan ser homólogas de la...
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