Análisis bioinformático de una secuencia de cDNA

TRATAMIENTO BIOINFORMATICO DE UNA SECUENCIA DE cDNA

1. Pauta abierta de lectura y secuencia codificante más larga
Péptido
P S W C GP A G S G A R WP R RT P R C TT R R S A S A W A P S G NF CR R R R S G R S S T RL SG C E R C T
A IKM SIVY KL R IC Q Y FSR R GFL L NFD SAAE I
G G V Q K R R VR N SM E K TR Y A Q K E KG K KK IP S P T A ND S C KR E H Q S HP H S R K N RD A D KK T FM R E IL
D F F L GDY F C T EK T W G GW GG R G NG P C ID L E ER K LR K T F
Y NM M E T EL K P P GP Q QT S GG G G G N ST A A A A GG NQ K N S P D R VK RP M N A F M V W S RG Q R R KM
A Q E NP KM H N SE I SK R L G A E WK L L SE T E K RP F I D E AK R L R A L HM K E H P D YK Y RP R R KT K T L M KK
D KY T LP G G LL A P GG NSM A S G V G V G A GL G A G V NQ RM D S Y A H M NGW S NG S Y SM M QD Q LG Y
P Q HP G L N A H G A AQ MQ PM H R YD V S AL Q Y N S MT S SQ T Y M N G SP T Y SM S Y S Q Q GT P GM A L G S
M G S V V K S E A S S SPP V VT S SS H S R AP C Q A G DL R DM I S MY LP G A E V PE P A A P S RL H M SQ HY Q S G
P VPG T AI NGT LP L SHM
G F F F F L F L F ER T G F S P C C FL LS S F A PL P FP S F F F E NF S PL Q F A V RP S H V
L I M S R R SP A W Q G AL E W EE E V T T G GL E L A SD L T TE PM EP R AM P G VP C C EC S A R S RL A S SM N G R F S V SD K S F H S A PR R LL I S EL C I L G F SW A I L R R CP RD HT MK A FM G RL T R S G L
F F WL PP A A A A V E LP PP PP EV C CG P G G F S S V S IM LY M R A L C A GP A R R RPP T L GP A G TL G G P R A G
G E E E G R R A G V S G AQ G S AR K I R R R I I W GK K R E RQ T G I R I K K S A S L LL WP I LP PP M I V I I I F W K G L S L
G L KL L S L S F S LL F FL S VL V L KR Q QTT FP LL Q TL S SL P

Longitud
56
32
100

317

50
49
232

Se escoge el péptido de 317 aminoácidos.
Siendo la secuencia de dna codificante la siguiente (481-1391):
ATGTACAACATGATGGAGACGGAGCTGAAGCCGCCGGGCCCGCAGCAAACTTCGGGGGGC-
GGCGGC
GGCAACTCCACCGCGGCGGCGGCCGGCGGCAACCAGAAAAACAGCCCGGACCGCGTCAAG-
CGGCCCA
TGAATGCCTTCATGGTGTGGTCCCGCGGGCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAGAACCCCA-
AGATGCACAACTCGGAGATCAGCAAGCGCCTGGGCGCCGAGTGGAAACTTTTGTCGGAGACGGAGAA-
GCGGCCG
TTCATCGACGAGGCTAAGCGGCTGCGAGCGCTGCACATGAAGGAGCACCCGGATTATAAA-
TACCGGCC
CCGGCGGAAAACCAAGACGCTCATGAAGAAGGATAAGTACACGCTGCCCGGCGGGCTGCT-
GGCCCCC
GGCGGCAATAGCATGGCGAGCGGGGTCGGGGTGGGCGCCGGCCTGGGCGCGGGCGTGAAC-
CAGCGC
ATGGACAGTTACGCGCACATGAACGGCTGGAGCAACGGCAGCTACAGCATGATGCAGGAC-
CAGCTGGGCTACCCGCAGCACCCGGGCCTCAATGCGCACGGCGCAGCGCAGATGCAGCCCATGCACC-
GCTACGAC
GTGAGCGCCCTGCAGTACAACTCCATGACCAGCTCGCAGACCTACATGAACGGCTCGCCC-
ACCTACAGC
ATGTCCTACTCGCAGCAGGGCACCCCTGGCATGGCTCTTGGCTCCATGGGTTCGGTGGTC-
AAGTCCGA
GGCCAGCTCCAGCCCCCCTGTGGTTACCTCTTCCTCCCACTCCAGGGCGCCCTGCCAGGC-
CGGGGACCT
CCGGGACATGATCAGCATGTATCTCCCCGGCGCCGAGGTGCCGGAACCCGCCGCCCCCAG-
CAGACTTC
ACATGTCCCAGCACTACCAGAGCGGCCCGGTGCCCGGCACGGCCATTAACGGCACACTGC-
CCCTCTCAC
ACATGTGA

2.Deducir la secuencia del mRNA
La secuencia de mRNA sería la misma pero cambiando timinas por uracilos y sin las secuencias
de inicio y terminación, ya que tenemos la cadena negativa de cDNA:
UACAACAUGAUGGAGACGGAGCUGAAGCCGCCGGGCCCGCAGCAAACUUCGGGGGGCGGC-
GGCGG
CAACUCCACCGCGGCGGCGGCCGGCGGCAACCAGAAAAACAGCCCGGACCGCGUCAAGCG-
GCCCAU
GAAUGCCUUCAUGGUGUGGUCCCGCGGGCAGCGGCGCAAGAUGGCCCAGGAGAACCCCAA-
GAUGCACAACUCGGAGAUCAGCAAGCGCCUGGGCGCCGAGUGGAAACUUUUGUCGGAGACGGAGA-
AGCG
GCCGUUCAUCGACGAGGCUAAGCGGCUGCGAGCGCUGCACAUGAAGGAGCACCCGGAUUA-
UAAAU
ACCGGCCCCGGCGGAAAACCAAGACGCUCAUGAAGAAGGAUAAGUACACGCUGCCCGGCG-
GGCUG
CUGGCCCCCGGCGGCAAUAGCAUGGCGAGCGGGGUCGGGGUGGGCGCCGGCCUGGGCGCG-
GGCG
UGAACCAGCGCAUGGACAGUUACGCGCACAUGAACGGCUGGAGCAACGGCAGCUACAGCA-
UGAUGCAGGACCAGCUGGGCUACCCGCAGCACCCGGGCCUCAAUGCGCACGGCGCAGCGCAGAUG-
CAGCCC
AUGCACCGCUACGACGUGAGCGCCCUGCAGUACAACUCCAUGACCAGCUCGCAGACCUAC-
AUGAAC
GGCUCGCCCACCUACAGCAUGUCCUACUCGCAGCAGGGCACCCCUGGCAUGGCUCUUGGC-
UCCAU
GGGUUCGGUGGUCAAGUCCGAGGCCAGCUCCAGCCCCCCUGUGGUUACCUCUUCCUCCCA-
CUCCA
GGGCGCCCUGCCAGGCCGGGGACCUCCGGGACAUGAUCAGCAUGUAUCUCCCCGGCGCCG-
AGGUG
CCGGAACCCGCCGCCCCCAGCAGACUUCACAUGUCCCAGCACUACCAGAGCGGCCCGGUG-
CCCGGCA
CGGCCAUUAACGGCACACUGCCCCUCUCACACAUG...