ANALISIS FILOGENIA
Páginas: 11 (2589 palabras)
Publicado: 24 de junio de 2015
Informe de la Práctica 3. Reconstrucción de filogenias.
Introducción y Objetivos
La diversidad biológica o biodiversidad describe la totalidad y variedad de vida sobre la tierra. En adición a los organismos individuales y su variabilidad genética, el término cubre los ecosistemas en que ellos viven, o sea, las variadas maneras en que interactúan las especies cada una con la otra y con el medioambiente que las rodea.
Teniendo en cuenta que la biodiversidad implica a todos los niveles de organización de los sistemas vivos, puede evaluarse desde diferentes perspectivas: ecológica (zonas geográficas, ecosistemas, poblaciones,…); estructural (taxones, poblaciones, individuos,…); o genética (variación poblacional, cromosómica, nucleotídica,…).
También, la biodiversidad puede variar en eltranscurso del tiempo y en función de las circunstancias condicionantes.
En esta práctica nos centraremos en evaluar la biodiversidad desde un ámbito genético, por lo tanto, la diversidad genética es la variedad de alelos y genotipos presentes en una población y que, frecuentemente, se refleja en las diferencias morfológicas, fisiológicas y de comportamiento entre los individuos. Es la materiaprima de la evolución: base de la adaptabilidad de la especie ya que a menor diversidad genética menor potencial evolutivo y menor capacidad de responder ante los retos ambientales. En relación con la eficacia biológica, a menor variabilidad menor eficacia biológica que a largo plazo implica una acumulación de mutaciones deletéreas y pérdida del potencial evolutivo debido a la endogamia. El estudiode la variabilidad genética nos permite realizar estudios acerca de la filogenia y taxonomía de los seres vivos entre otras cosas.
Los cambios de la información se producen por mutaciones o alteraciones del genoma que no suelen incidir de forma periódica sino que reflejan más bien comportamientos aleatorios y próximos al caos. Cuando los cambios en el genoma son muy diferentes, se necesitandiferentes maneras y criterios de ponderación.
La variabilidad o diversidad molecular se explica por cambios que afectan al genoma en su conjunto y a la información hereditaria en particular. Entre esos cambios destacan las mutaciones y la recombinación, aunque las causas de los cambios pueden ser diversas.
Se distinguen diferentes tipos de ‘mutaciones’ como: duplicaciones, inserciones/deleciones(InDels), inversiones y translocaciones, transferencia génica horizontal, sustituciones de nucleótidos, etc.
El objetivo de la práctica es el uso de las secuencias moleculares de Bmp5 y sus parálogos para evaluar la diversificación temporal de especies. Para ello, se tomará como unidad informativa de referencia al gen y se analizarán los cambios producidos en la secuencia aminoacídica constituyentede la proteína o la expresión funcional del gen.
Para realizar este estudio nos centraremos en dos tipos de mutaciones, las duplicaciones y las InDels y en métodos filogenéticos que nos permitan determinar relaciones de parentesco evolutivo en base al número de diferencias entre organismos y/o a la relación de agrupación entre ellos. Analizaremos las secuencias aminoacídicas pertenecientes a losgenes y las valoraremos como unidades de información.
Método
Analizaremos como han ido ocurriendo mutaciones en la secuencia aminoacídica de bmp5 en la filogenia de algunos taxones de vertebrados para realizar una relación de proporcionalidad entre los intervalos temporales que separan nodos de divergencia sucesivos (en millones de años) y la longitud de los linajes implicados (en número desustituciones aminoacídicas) a modo de referencia de etapas en la historia evolutiva del gen.
En la primera sesión práctica realizaremos la búsqueda de secuencias de Bmp5 y de sus parálogos Bmp7 y Bmp10. Para ellos, nos conectamos al servidor NCBI y realizamos la búsqueda pertinente marcando “protein”, así conseguimos buscar en la base de datos de proteínas ya que queremos obtener la secuencia...
Introducción y Objetivos
La diversidad biológica o biodiversidad describe la totalidad y variedad de vida sobre la tierra. En adición a los organismos individuales y su variabilidad genética, el término cubre los ecosistemas en que ellos viven, o sea, las variadas maneras en que interactúan las especies cada una con la otra y con el medioambiente que las rodea.
Teniendo en cuenta que la biodiversidad implica a todos los niveles de organización de los sistemas vivos, puede evaluarse desde diferentes perspectivas: ecológica (zonas geográficas, ecosistemas, poblaciones,…); estructural (taxones, poblaciones, individuos,…); o genética (variación poblacional, cromosómica, nucleotídica,…).
También, la biodiversidad puede variar en eltranscurso del tiempo y en función de las circunstancias condicionantes.
En esta práctica nos centraremos en evaluar la biodiversidad desde un ámbito genético, por lo tanto, la diversidad genética es la variedad de alelos y genotipos presentes en una población y que, frecuentemente, se refleja en las diferencias morfológicas, fisiológicas y de comportamiento entre los individuos. Es la materiaprima de la evolución: base de la adaptabilidad de la especie ya que a menor diversidad genética menor potencial evolutivo y menor capacidad de responder ante los retos ambientales. En relación con la eficacia biológica, a menor variabilidad menor eficacia biológica que a largo plazo implica una acumulación de mutaciones deletéreas y pérdida del potencial evolutivo debido a la endogamia. El estudiode la variabilidad genética nos permite realizar estudios acerca de la filogenia y taxonomía de los seres vivos entre otras cosas.
Los cambios de la información se producen por mutaciones o alteraciones del genoma que no suelen incidir de forma periódica sino que reflejan más bien comportamientos aleatorios y próximos al caos. Cuando los cambios en el genoma son muy diferentes, se necesitandiferentes maneras y criterios de ponderación.
La variabilidad o diversidad molecular se explica por cambios que afectan al genoma en su conjunto y a la información hereditaria en particular. Entre esos cambios destacan las mutaciones y la recombinación, aunque las causas de los cambios pueden ser diversas.
Se distinguen diferentes tipos de ‘mutaciones’ como: duplicaciones, inserciones/deleciones(InDels), inversiones y translocaciones, transferencia génica horizontal, sustituciones de nucleótidos, etc.
El objetivo de la práctica es el uso de las secuencias moleculares de Bmp5 y sus parálogos para evaluar la diversificación temporal de especies. Para ello, se tomará como unidad informativa de referencia al gen y se analizarán los cambios producidos en la secuencia aminoacídica constituyentede la proteína o la expresión funcional del gen.
Para realizar este estudio nos centraremos en dos tipos de mutaciones, las duplicaciones y las InDels y en métodos filogenéticos que nos permitan determinar relaciones de parentesco evolutivo en base al número de diferencias entre organismos y/o a la relación de agrupación entre ellos. Analizaremos las secuencias aminoacídicas pertenecientes a losgenes y las valoraremos como unidades de información.
Método
Analizaremos como han ido ocurriendo mutaciones en la secuencia aminoacídica de bmp5 en la filogenia de algunos taxones de vertebrados para realizar una relación de proporcionalidad entre los intervalos temporales que separan nodos de divergencia sucesivos (en millones de años) y la longitud de los linajes implicados (en número desustituciones aminoacídicas) a modo de referencia de etapas en la historia evolutiva del gen.
En la primera sesión práctica realizaremos la búsqueda de secuencias de Bmp5 y de sus parálogos Bmp7 y Bmp10. Para ellos, nos conectamos al servidor NCBI y realizamos la búsqueda pertinente marcando “protein”, así conseguimos buscar en la base de datos de proteínas ya que queremos obtener la secuencia...
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