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Disputas entre Perú y Ecuador
Una vez constituido el Estado ecuatoriano, se suscribieron diversos acuerdos y tratados con la finalidad de trazar la frontera entre ambos países, sobre todo en la parte amazónica. Ecuador señala la existencia del Protocolo Pedemonte-Mosquera que, firmado en 1830 fue una continuación del Tratado Larrea-Gual. Perú cuestiona la validez de ese tratado, llegando aafirmar que nunca se firmó, debido a que jamás se encontró el documento original.
Durante 1859 y 1860, ambos países libraron una guerra sobre un territorio cercano al río Amazonas. Sin embargo, Ecuador ingresó a una guerra civil que impidió las relaciones diplomáticas con el resto de Latinoamérica, incluyendo al Presidente del Perú Ramón Castilla, ya que no existía un gobierno reconocido en Ecuadorcon el cual tratar. Igualmente, entre 1879 y 1883 el Perú participó en la Guerra del Pacífico contra Chile y no pudo atender otros asuntos diplomáticos.
En 1887, un tratado suscrito por ambas naciones estableció que el Rey de España actuaría como árbitro. Se pensó que ese Tratado, denominado Herrera-García, resolvería permanentemente el conflicto. Sin embargo, el Congreso de la República del Perúseñaló que ratificaría el tratado sólo luego de que se introdujeran algunas modificaciones por cuanto lo consideraba poco favorable para su país. Ante ello, Ecuador se retiró del proceso en protesta de las modificaciones peruanas y el Rey se abstuvo de proponer una decisión.
En el siglo XX Ecuador se enfrentó nuevamente a Perú. Se dieron nuevos incidentes limítrofes. El más importante de esosconflictos fue el que se dio en el año de 1911. En 1922 hubo otra disputa referida a la firma del Tratado Salomón Lozano entre Perú y Colombia, que resultó favorable a esta última nación. Este tratado causó malestar tanto en Perú (donde se señala que el presidente Augusto B. Leguía lo suscribió bajo presión de los Estados Unidos) como en Ecuador que se veía, de esa forma, limitando con Perú por eleste. Sin embargo, el reconocimiento colombiano respecto a las aspiraciones territoriales del Perú señalándolas como legítimas ayudaron a este país.
En 1936, tras largos años de incidentes y negociaciones, se fijó una "línea de statu quo", en calidad de frontera provisional mutuamente reconocida, tomando como base los territorios que de facto poseía cada país. Dentro de dicha línea provisional, enla zona correspondiente al actual departamento peruano de Amazonas, se fijaba, como frontera natural, la Cordillera del Cóndor.
El 11 de enero de 1941, alegando que los ecuatorianos habían realizado incursiones e incluso ocuparon territorio peruano en la provincia de Zarumilla, el presidente del Perú, Manuel Prado Ugarteche, ordenó la formación del Agrupamiento Norte, una unidad militar en cargodel Teatro de operaciones del Norte.
La posición peruana alegó en 1941 que Ecuador desconoció esa línea provisional por lo que movilizó su ejército, ingresando a territorio ecuatoriano por Tumbes (localidad de Aguas Verdes limítrofe con Huaquillas). El Perú empleó todos sus recursos militares haciéndose del control del espacio previamente ocupado por Ecuador los días 5, 23 y 24 de julio. y queconstituía el 50% del territorio que dicho país consideraba suyo.

Problema demarcatorio en la Cordillera del Condor
La demarcación de la línea fronteriza establecida en el procotolo mediante el hitosrias. se inició en 1947. Sin embargo, ésta no fue culminada en la zona de la Cordillera del Cóndor, debido a que mediante un levantamiento aerofotogramétrico se "descubrió" la presencia del ríoCenepa entre el Zamora y el Santiago que lo . Eso implicaba consignado en el protocolo no correspondía con la geografía real de la zona. El río Cenepa era un accidente geográfico conocido desde muchos años antes, tal como lo reconoce en un ensayo el ex presidente peruano Fernando Belaúnde Terry. La suspensión se basó en la posición ecuatoriana, que señalaba la inexistencia de un "Divortium Aquarum"...