Aplicación Web Que Apoya Al Análisis De Datos Rt-Pcr

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE CHILE FACULTAD DE INGENIERIA DEPARTAMENTO DE INGENIERIA INFORMATICA

Desarrollo de una aplicaci´ n web para el o apoyo al an´ lisis de datos Real-Time PCR a
Propuesta tema de titulaci´ n o Propuesta final

Nombre: Fabi´ n Esteban Parra Messina a RUT: 17.316.990-6 Carrera: Ingenier´a Ejecuci´ n en Computaci´ n e Inform´ tica ı o o a A˜ o estimado de egreso: 2011 nTel´ fono: 86522000 e E-mail: fabian.parram@usach.cl Profesor Gu´a: Mario Inostroza ı Profesor Co-Gu´a: Amir Shmaryahu ı Fecha: 22 de Agosto del 2011

´ Indice 1. Objetivos del proyecto 1.1. Objetivos generales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2. Objetivos espec´ficos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ı 2. Descripci´ n del problema o 2.1. Motivaci´ n . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . o 2.2. Dominio del problema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.3. Enunciado del problema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3. An´ lisis de soluci´ n a o 3.1. Estado del arte . . . . . . . . . . . . . 3.2. Alternativas de soluci´ n . . . . . . . . o 3.2.1. Soluci´ n Centralizada . . . . o 3.2.2. Soluci´ n Distribuida . . . . . o 3.2.3.Aplicaci´ n SmartPhone . . . o 3.2.4. Aplicaci´ n Web . . . . . . . . o 3.3. Justificaci´ n de la soluci´ n propuesta . o o 1 1 1 1 1 2 3 4 4 4 5 5 5 6 6 6 6 7 7 8 8 9 9 10 11

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4. Descripci´ n de la soluci´ n propuesta o o 4.1. Caracter´sticas de la soluci´ n . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ı o 4.2. Prop´ sitos de la soluci´ n . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . o o 4.3. Alcances y limitaciones de la soluci´ n . . . . . . . . . . . . . . o 5. Metodolog´a, herramientas y ambiente de desarrollo ı 5.1. Metodolog´a a usar . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . ı 5.2. Herramientas de desarrollo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5.3. Ambiente de desarrollo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6. Plan de trabajo 7. Referencias

1. Objetivos del proyecto 1.1. Objetivos generales Desarrollar una aplicaci´ n web para apoyar al an´ lisis de datos del o a proceso RealTime-PCR. 1.2. Objetivos espec´ficos ı Los objetivosespec´ficos que se identificar´ n son los siguientes: ı o ∗ Identificar los requerimientos del cliente para establecer sus casos de uso. ∗ Describir los formatos de m´ quinas real-time PCR para elegir el formato a que usar´ la aplicaci´ n. a o ∗ Investigar las pruebas que el laboratorio exige para confeccionar la informaci´ n de los reportes. o ∗ Construir los componentes de la aplicaci´ n para comenzar suintegraci´ n. o o ∗ Establecer las pruebas de la aplicaci´ n para encontrar posibles fallas como o tambi´ n medir su eficiencia y eficacia. e 2. Descripci´ n del problema o 2.1. Motivaci´ n o En la ciencia de la inform´ tica existe una disciplina denominada Bioa inform´ tica, la cual trabaja analizando datos, simulando sistemas o mecanisa mos de ´ndole biologicos. Generalmente los an´ lisis son a nivelmolecular, lo ı a que acarrea una cantidad de datos enorme. El ADN es un claro ejemplo de una cantidad enorme de datos los cuales necesitan un tratamiento inform´ tico para a poder ser procesados. Como conocimiento general, el ADN es una cadena muy larga de secuencias conformada por nucle´ tidos (adenina, guanina, timina, citocina, uracio lo), los cuales agrupados de formas especiales conformanalg´ n gen espec´fico, u ı

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logrando as´ cadenas inmensas de genes de una especie. Teniendo esto en cuenı ta, podemos empezar a pensar que cada especie, ya sea animal, bacteria, virus, etc, tiene sus rasgos caracter´sticos los cuales nos hacen clasificarlos en esa esı pecie. En base a lo anterior, existen m´ todos que logran identificar especies e en alg´ n ambiente determinado, uno en...