Arbol filogenetico


ACTIVIDAD in silico
Utilización de la bioinformática y las bases de datos en internet para el estudio de las proteínas.
En los ultimas décadas ha generado una avance importante en la biología molecular teniendo la bioinformática un papel muy importante en el desarrollo al igual que la gran cantidad de bases de datos y su fácil acceso alrededor del mundo , las investigaciones del genoma yel proteoma, han llevado a la tarea de tener información biológica en una forma mucho más ordenada y al desarrollo de herramientas especializadas, que permiten el acceso y el análisis de la información.
La bioinformática es el uso de herramientas computacionales que permiten analizar, depurar y agilizar el manejo en grandes cantidades de información genética y predecir en algunos casos función degenes y proteínas con base en evidencia experimental de secuencias o procesos similares que son almacenados en una base de datos.

Estas bases de datos comenzaron en la década de los 70 con la creación de Brookhaven Protein Data Bank , desde esta época , hasta la actualidad se han generado una gran cantidad de información ordenada lógicamente .En bases de datos las secuencias de ADN decientos de organismos han sido decodificadas y guardadas en bases de datos. Esos datos son analizados para determinar los genes que codifican para ciertas proteínas, así como también secuencias reguladoras. Una comparación de genes en una especie o entre especies puede mostrar similitudes entre funciones de proteínas, o relaciones entre especies. 


Objetivos



obtener la secuencia deaminoácidos de una proteína y del gen que la codifica.
conocer, vía in silico, algunas de las propiedades fisicoquímicas de esta proteína
obtener un modelo tridimensional de la estructura de la molécula y visualizarla utilizando el programa WebLab ViewerLite.
establecer las relaciones filogenéticas entre ésta y otras proteínas de la misma familia, a través de un alineamiento múltiple de sussecuencias.

Materiales y Metodo
Mediante la utilización del programa BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), que se encuentra en http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi se utilizo un programa específico el cual se llama protein blats, este programa permitió alinear la secuencia de aminoácidos de la proteína que se utilizo con la de muchas otras. Se pego la secuencia de proteínas(MARFEEQKLYIGGRYVEASSGA) en una de las ventanas especificas en el programa y se prosiguió a la búsqueda de información en la base de datos. Después de unos segundos apareció otra ventana la cual contenía algunas especificaciones de la proteína y mostraba composición y comparación con algunas otras proteínas, se obtuvo la secuencia de aminoácidos de la paguina del NCBI (National Center for BiotechnologyInformation), en la que se presentan diferentes datos de la proteína BADH de P. aeruginosa y múltiples ligas para acceder a más información relacionada con ella o para analizar su secuencia. Se obtuvo la secuencia en FASTA. A partir de la secuencia de aminoácidos que se obtuvieron se precedió a determinar in silico algunos parámetros fisicoquímicos de ésta molécula, a visualizar su estructuratridimensional y establecer, a través de un alineamiento múltiple, las relaciones filogenéticas entre ésta y otras proteínas BADHs.
Para la obtención del modelo 3D en formato PDB de la proteína se utilizo el sitio de modelado de SWISS-MODEL en internet, que se encuentra en la siguiente dirección:
http://swissmodel.expasy.org/workspace/index.php?func=modelling_simple1 con la secuencia de aminoácidos seobtuvo el modelo en 3D descargado de lapaguina ya dicha se descargo e instalo el programa WebLab ViewerLite .
Ya instalado y abierto el archivo PDB con el programa WebLab ViewerLite, seprocedio a hacer “click” en “Window” y a abrir la ventana “New Hierarchy Window”. Posteriormente “click” en la subunidad “A” para seleccionar todos los átomos de la proteína.
En la ventana Display Style (la de la...