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El 24 de Marzo de 1530 llegó Nuño Beltrán de Guzmán a la vista de Tonallán, y mandó formar 3 escuadrones: uno al mando de Cristóbal de Oñate, otro a las órdenes de Francisco Verdugo y el tercero acargo del propio Nuño de Guzmán, para atacar el señorío gobernado por la mujer Cihualpilli Tzapotzinc, que tenía como tributarios a los señoríos de Tlaquepaque, Tololotlán, Coyolán, Mexquitán,Tzalatitán, Atemajac, Tetlán, Tateposco,  Tlaxomulco, Cuescomatitán, Coyutlán y Toluquilla.
Dicha maniobra fracasó, sin embargo, Francisco Verdugo después de perseguir a los defensores que se dispersaron,regresó al día siguiente, llevando en son de paz, a varios de los principales dirigentes de los pueblos que formaban parte del señorío de Tonalllan: Tlaquepaque, Tetlán, Zalatitán, Mezquitán y Atemajac.Esto nos marca el primer contacto de los españoles con el pueblo de Tlaquepaque.
Fray Antonio Tello menciona en su "Crónica Miscelánea de la Santa Provincia de Jalisco" (1648-1653) a Coyotl, Chicacoty Tenahatl como los señores de Tlaquepaque, quienes se rindieron ante Nuño de Guzmán y le dieron la bienvenida obsequiándole guajolotes, huevos, aguacates y otros productos de la región. Según elautor, el pueblo en esta época contaba con aproximadamente con 1,000 habitantes.  
En el curso del siglo XVIII San Pedro Tlaquepaque cambió de fisonomía.  En 1738 según el texto anónimo que recoge,  los"Instrumentos y Autos Originales Hechos sobre la Fundación del Convento de las Religiosas Recoletas Agustinas de la Gloriosa Santa Mónica de Guadalajara", aquella localidad surtía a ésta de frutas ylegumbres, y en los días de primavera servía de recreo a los habitantes de la capital Nueva Galicia, quienes "haciendo un paréntesis en sus afanes, salían en sus furlones o caballos a divertirse con lavista de los amenos prados de rosa que llaman de Castilla".
San Pedro se encuentra dividido en cuatro barrios: Santa María, Santo Santiago, San Francisco y San Juan, los que desde el siglo XIX se...