Articulo traducido

Comparación de los métodos para la extracción de ADN
de biopelículas epilíticos corriente

Resumen
Este estudio compara la forma diferente de ADN métodos de extracción influyen en la cantidad y calidad
de los rendimientos de ADN de biopelículas epilíticos corriente. Interpretaciones de estructura de la comunidad bacteriana, usando ARISA, reveló un aumento de la variabilidad entre lasmuestras
procesado utilizando kits disponibles comercialmente, que también produjo concentraciones más bajas de ADN que otros métodos probados.

Palabras clave:, kit de extracción de ADN bacteriano y ARISA

introducción

Los microorganismos dentro de los biofilms son el basal clave nivel trófico en la mayoría de los sistemas de agua dulce y desempeñar un papel funcional importante en elmantenimiento del equilibrio de la biogeoquímica del ecosistema corriente (Battin et al. 2003). Para entender mejor cómo la actividad humana
está afectando la salud microbiana corriente y función, un en toda la gama de métodos moleculares están ahora disponibles a monitorear los cambios en la estructura microbiana corriente, composición y la diversidad, basado principalmente en el análisis de ribosomalgenes de ARN (Thakuria et al., 2008). Tal métodos requieren el ADN microbiano que ser eficiente extraído y aislado de ambiental complejo medios de comunicación para el que una variedad de métodos han sido ahora descrito, la incorporación de varias combinaciones de
perlas paliza, detergentes, lisis enzimática y solvente extracción (Griffiths et al. 2000). Una variedad de comercial kits tambiénestán disponibles para el aislamiento de ADN a partir de una amplia gama de medios de comunicación, incluyendo el suelo y material vegetal. Sin embargo, a pesar de estar bien descritos para el suelo, ningún estudio todavía ha intentado comparar la eficacia de las técnicas de extracción en términos de la
calidad y cantidad de ADN produjeron a partir de agua dulce transmitir muestras de biofilm, o suefecto sobre las interpretaciones de análisis de la comunidad microbiana basada en el ADN.
La elección del procedimiento de extracción de ADN utilizado es sabe que son importantes, ya que los estudios han demostrado que diferentes métodos de extracción afectan a la secuencia de ADN
los datos generados por el análisis de muestras (Thakuria et al. 2008). La extracción de ADN a partir de agua dulcebiofilms es con frecuencia problemático, ya que hasta el 90% de la
materia orgánica asociada con biofilms es exudada sustancias poliméricas extracelulares (EPS) (Romani
et al. 2004). Esta EPS contiene característicamente altas concentraciones de complejos polisacáridos cargados negativamente, que pueden interferir con el ADN tanto proceso de extracción y también ser inhibitorio para PCR(Radstrom et al. 2007). Además, las sustancias húmicas (ácidos fúlvicos en particular) con frecuencia dar cuenta de la gran mayoría del carbono orgánico disuelto en el río agua (Barreto et al., 2003), alcanzando altas concentraciones dentro de las biopelículas acuáticas (Aguilera et al. 2008), que puede entorpecer la PCR. Es vital que mejor entender el sesgo de técnicas de extracción de ADN en lacaracterización molecular de la biopelícula compleja las comunidades. Los objetivos de este estudio fueron
Por lo tanto, para evaluar cómo las diferentes extracción de ADN métodos afectan a la (i) rendimiento, (ii) la pureza, y (iii) la peso molecular de ADN recuperado de muestras de biopelícula epilíticas. El impacto de estos factores sobre interpretaciones de la variabilidad biológica eran tambiénevaluó a través de una comunidad bacteriana basada en el ADN técnica de toma de huellas dactilares (Automated ribosomal intergénicas Análisis-ARISA Spacer).

La recolección y el procesamiento de la muestra

Muestras de biofilm corriente se recogieron a partir de secciones de una corriente urbana (Oakley Creek;.? Lat 36 5204200 S, De largo. 174? 4201300 E). Un transecto aguas debajo de 25 m de...