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Breve historia de ambos alfabetos
Para empezar, hay una diferencia en el origen de ambos alfabetos:
El alfabeto fonético internacional fue creado por un grupo de lingüistas británicos yfranceses (que posteriormente formarían la Asociación Fonética Internacional) en 1888. Posteriormente ha sido modificado, hasta la última revisión que tuvo lugar hace poco, en 2005.
El alfabeto de laRevista de Filología Española fue propuesto por Tomás Navarro Tomás y publicado en el segundo número de dicha revista en 1915.

Ámbito de aplicación
También se diferencian estos por su ámbito deaplicación y propósitos de transcripción:
El AFI, en origen, estaba limitado a un cierto número de lenguas que se estudiaban en Francia. Sin embargo, con las ampliaciones y revisiones se fueronampliando el número de lenguas sujetas a la posibilidad de ser transcritas. En la actualidad contando, incluso, con sonidos clic (por ejemplo [ǂ] o [!]) de lenguas africanas, se busca poder transcribircualquier lengua hablada.
El alfabeto de la RFE se creo para la transcripción de la misma revista y, por ello, se especializó, únicamente, en la lengua castellana. En la actualidad se utiliza en lamayoría de manuales de autores hispanoamericanos, en las universidades de la mayoría de estos países (México, España...), etc.

Comparación de marcas de tónicas
En castellano solo hay una sílaba tónicaen las palabras (excepto en los adverbios de modo formados por -mente) y esta se marca con una tilde aguda (´). En el AFI, que contempla también lenguas con varias por palabra, se marcan estas conuna comilla simple (').

Comparación de signos vocálicos
Para comenzar, es digno de mención que, en cuanto a vocales, no hay grandes diferencias entre ambos alfabetos.
La única variación entre ambospuede ser que, siguiendo el AFI, quizá sería más conveniente que el fonema /e/ en castellano se transcribiese con el signo [e̞] y /o/ con [o̞] ya que son sonidos de vocales medias y [e] y [o] se...