Baruchs

A diferencia de los árboles genealógicos, en los que se utiliza información proporcionada por los familiares, para los árboles filogenéticos se usa información proveniente de fósiles, así como aquélla generada por la comparación estructural y molecular de los organismos.
Tanto los árboles genealógicos como los filogenéticos tienen un tronco y ramas, pero en los últimos se muestran las relacionesentre especies y no entre individuos.
Los árboles filogenéticos se construyen tomando en cuenta la teoría de la evolución, que nos indica que todos los organismos son descendientes de un ancestro común: la protocélula. Así, todos los organismos, ya sean vivos o extintos, se encuentran emparentados en algún grado.
Tipos de árboles filogenéticos[editar]

Fig. 1: Árbol filogenético enraizado paragenes rRNA.

Fig. 2: Otra representación del árbol filogenético incluyendo las transferencias horizontales
Cladística y caracteres[editar]
Artículo principal: Cladística
La mejora de los métodos computacionales para el tratamiento de la información ha introducido un número interesante de algorítmicos cladísticos para la clasificación mediante árboles filogenéticos. Muchos de esos árboles consideranun conjunto de especies representadas por un conjunto de caracteres. Un carácter es cualquier características bien definida de la especie que permita dividir el conjunto de especies en grupos, según el valor que toma el carácter para cada especie. Así un subconjunto de las especies formará un grupo respecto a dicho carácter si comparten una misma forma o valor de dicho carácter.
Cada carácterpermite construir un árbol filogenético cladístico que satisface ciertas propiedades razonables. Los algoritmos usuales pueden construir para un conjunto de especies numerosos árboles filogenéticos, y extraer de entre ellos alguno que sea óptimo en algún sentido. Si las condiciones de optimidad están bien escogidas esos algoritmos permiten encontrar el verdadero árbol filogenético para un grupo deespecies relacionables.

Árboles filogenéticamente perfectos[editar]
Una condición importante en los árboles empleados en lingüística es la condición de filogenia perfecta. Los árboles que satisfacen dicha condición son los árboles filogenétciamente perfectos, que satisfacen la siguiente definición:
Un árbol  para un conjunto de lenguas  tiene filogenia perfecta si para un conjunto de caracteres , sies posible etiquetar los nodos del árbol de tal manera que los caracteres evolucionen a lo largo del árbol sin retromutaciones o evolución paralela en . En este caso se dice que  es compatible con los valores observados en las "hojas" (nodos extremos) para todos los caracteres.
Cuando un nodo o proto-lengua B que no posee una característica que sí posee algún otro nodo o proto-lengua A de la quederiva, experimenta un cambio o mutación dando lugar a una proto-lengua C que vuelve a poseer la característica presente en la proto-lengua A y ausente en la proto-lengua B.









El filo (phylum, plural phyla), tronco o tipo de organización es una categoría taxonómica situada entre el reino y la clase, y usada en el reino animales, reino protistas y dominio bacterias.En botánica (reino plantas), se emplea el término divisiónen lugar de filo, siendo ambos términos equivalentes.
Anélidos
Gusanos celomados con el cuerpo segmentado en anillos
Artrópodos
Exoesqueleto de quitina y patas articuladas
Cordados
Cuerda dorsal o notocordio, al menos en estado embrionario
Equinodermos
Simetría pentaradiada, esqueleto externo de piezas calcáreas
Moluscos
Boca con rádula, pie muscular y manto alrededorde la concha
Gusanos redondos
Gusanos pseudocelomados de sección circular con cutícula quitinosa
Gusanos planos
Gusanos acelomados, ciliados, sin ano; muchos son parásitos
Esponjas
Parazoos; sin simetría definida; cuerpo perforado por poros inhalantes
Rotíferos
Pseudocelomados con una corona anterior de cilios
Phylum Ctenophora. Medusas pectinadas. Los ctenóforos son animales marinos de vida...