BI Rodopsina

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Resumen— La práctica presentada a continuación ha tenido como objetivo familiarizar a los estudiantes del curso de Herramientas BioInformáticas con software especializado en la obtención de información y la manipulación de secuencia de nucleótidos y proteínas; las herramientas se utilizaran para realizar un alineamiento múltiple, perfiles hidrofóbicos e hidrofílicos, entre otros.

I.INTRODUCCIÓN

En esta práctica se trabajara con la Rodopsina, esta es una proteína transmembranal que se encuentra en los discos de los bastones de la retina, la cual es responsable de la visión en condiciones de baja luminosidad, con ayuda de la base de datos del NCBI(National Center for BioTechnology Information) se obtendrá la información necesaria para el desarrollo de esta práctica realizada enla herramienta bioinformática BioEdit ,posteriormente se utilizaran cinco(5) aplicativos de la organización EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite), en este caso Antigenic, Digest, Dan, Fuzznuc y Msbar. La idea es discutir los resultados de las diferentes prácticas y asociar los conocimientos previamente adquiridos en el curso de Biología Molecular, con toda la información generadaen el software especializado.

II. METODOLOGÍA
A. Obtener Información
Para la realización de la practica se necesita obtener la composición genética de la rodopsina para las siguientes especies: Canis lupus familiaris (Perro), Gorilla gorilla gorilla (Gorilla), Homo sapiens (Humano), Mus musculus (Ratón), Oncorhynchus masou (Salmón), Pan troglodytes (Chimpancé), Pongo abelii (Orangután),Tursiops truncatus (Delfin); por lo que se deberá ingresar al portal en línea del NCBI y en la barra de búsqueda cambiar el criterio a nucleótido, buscar cada una de las especies anteriormente descritas agregando además la etiqueta rhodopsin(rodopsina), asegurándose si es posible, de que el resultado de la búsqueda no es una secuencia de código(CD) parcial sino completa, Si lo anterior fue realizadodesea para el desarrollo de la práctica, solo hace falta cambiar el formato del documento de GenBank a FASTA y descargarlo, tras hacer la acción anterior para cada una de las especies, se unificara la información genética de la rodopsina de cada una en un solo archivo FASTA(.fasta)llamado SecuenciasADN.fasta con el fin de facilitar la ejecución del numeral B.

B. Obtener AlineamientoMúltiple
El archivo SecuenciasADN.fasta se abre con el software BioEdit(suponiendo que el programa ya se haya descargado), este mostrará la composición en nucleótidos del gen para cada una de las especies ordenada; el Algoritmo de Alineamiento Múltiple a utilizar se llama “ClustalW”, para aplicarlo a las secuencias abiertas en la aplicación, se dirige a el menú “Accesory Application” y al segundoítem del menú “ClustalW Multiple alignament”, acto seguido aparecerá una interfaz gráfica con las opciones de configurar algunos parámetros del Algoritmo, para la práctica que se realiza con la rodopsina no es necesario modificar los valores por defecto, únicamente se selecciona la casilla de “Output Clustal format with Clustal consensus sequence generation ” eso con el fin de generar la secuenciaconsenso, ahora para ejecutar el algoritmo se oprime el botón “Run ClustalW” , la aplicación calculara la solución y la desplegara en pantalla, con el fin de conservar la información de la secuencia consenso vale la pena salvar el archivo con extensión .bio.

C. Obtener Composición de Aminoácidos
Para generar el documento con la información de la composición de aminoácidos de las secuencias sedebe dirigir al menú “Sequence” una vez desplegada las opciones de este menú, se localiza el sub menú “Protein” y se selecciona la opción “Amino Acid Composition”, la aplicación generara la composición de aminoácidos en un archivo .txt el cual se puede convertir a cualquier procesador de texto.

D. Obtener perfil hidrofóbico
Con el fin de obtener los perfiles hidrofóbicos e hidrofílicos se...