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Tras la proclamación de independencia del estado peruano el proceso parecía estancado por la resistencia militar española, y la inestabilidad del protectorado. Así, mientras la costa y el norte delPerú eran independientes, la sierra peruana y el Alto Perú seguían siendo realistas. El virrey La Serna había restablecido su sede de gobierno en el Cuzco. Mientras el motín de Balconcillo fue elprimer golpe de Estado que hubo en el Perú y el inicio del cuadillaje militar (Primer Militarismo); vale decir, un alzamiento de militares en Lima, el 27 de febrero de 1823, que pidió la proclamación deJosé de la Riva Agüero como Presidente de la República. Una nueva campaña militar dirigida por el general Santa Cruz que trata de terminar con el Ejército Real del Perú también es derrotada.
Laconclusión de la guerra en el Perú vendría con la intervención de la Gran Colombia. Ante la retirada del Protector, y tras las derrotas militares del presidente Riva Agüero, el Congreso peruano decidiósolicitar en 1823 la intervención de Simón Bolívar. Bolívar ya había enviado antes al general Antonio José de Sucre, quien mantuvo la autonomía de las agrupaciones militares de Colombia, sin comprometerlasen las campañas de intermedios. Bolívar tras acabar con la resistencia de los pastusos en la batalla de Ibarra, se embarcó y arribó a Lima el 10 de septiembre de 1823.
En 1824, desarticulado elejército realista por la Rebelión de Olañeta en el Alto Perú, dio lugar la campaña militar de Junín y Ayacucho que sería favorable a los patriotas. El Ejército Unido Libertador del Perú triunfó en labatalla de Junín a las órdenes del Libertador Simón Bolívar, y en la batalla de Ayacucho a las órdenes del general Antonio José de Sucre. La capitulación de Ayacucho puso fin al virreinato peruano.
Sucrecruza el río Desaguadero con las división de Córdova y la división del Perú del ejército libertador.5 Bastiones y unidades realistas capitulan unas tras otras. La guerra regular en el Alto Perú...