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La herencia de algunos caracteres parece incumplir las Leyes de Mendel porque las proporciones genotípicas o fenotípicas resultantes son diferentes a lasesperadas. Podemos considerar estos casos como aparentes anomalías o excepciones entre las que podemos citar:
1. Las mutaciones, que hacen aparecer fenotiposnuevos y, por tanto, no predecibles.
2. La presencia de genes letales, que provocan la muerte de algunos individuos modificando así las proporciones genotípicasy fenotípicas.
3. Los alelos múltiples. En los caracteres mendelianos típicos existen sólo dos alelos posibles (por ejemplo amarillo A o verde a) Pero paraalgunos caracteres, aunque cada individuo sólo posee dos genes, los alelos o alternativas posibles son más de dos. Un ejemplo sería la herencia del color delos ojos en la mosca del vinagre (Drosophila melanogaster).
4. Las herencia polímera o cuantitativa. En este caso el carácter no depende de un solo par degenes, sino de varias parejas de alelos que contribuyen de manera sumativa a la aparición del fenotipo. Se generan muchos fenotipos, con diferencias mínimas entreellos, que pueden ordenarse progresivamente, tal como sucede con el color de la piel o del pelo o con la estatura en los humanos.
5. Excepción a la 3ª Ley deMendel: los genes ligados. Tal como veremos al explicar la teoría cromosómica de la herencia, todos los caracteres determinados por genes situados en unmismo cromosoma tienden a heredarse conjuntamente y no de manera independiente como postula la 3ª Ley de Mendel. Por eso se denominan caracteres y genes ligados.