Bioinformatica

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TECNOLOGICO DE MONTERREY CAMPUS LEON

BIOLOGIA

PRACTICA DE BIOINFORMATICA

ALEJANDRO SOJO RAMIREZ
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Alejandro Sojo R.
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Práctica de Bioinformática

El objetivo de la presente práctica es introducirlos a la base de datos más importante en biotecnología y que ustedes comprendan su importancia y conozcan dónde pueden encontrar información adecuada y de fronterapara cualquier investigación que realicen en el futuro profesional.

Instrucciones

1. Accedan a la siguiente liga: www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Vayan al enlace: More about NCBI
3. Sigan el enlace: Science Primer
4. Sigan el enlace Bioinformatics. Respondan als siguientes preguntas:

a) ¿Qué es una base de datos biológica?, ¿qué subdisciplinas podemos encontrar dentro de labioinformática?, ¿qué estudia la filogenética?, ¿cuáles son los cuatro pasos a seguir dentro del modelado de proteínas?

R.
- Una base de datos biológica es una biblioteca de información sobre ciencias de la vida, recogida de experimentos científicos, literatura publicada, tecnología de experimentación de alto rendimiento, y análisis computacional.

- Dentro de bioinformática,existen tres subdisciplinas: a) El desarrollo de nuevos algoritmos y estadísticas para establecer relaciones entre miembros de grandes grupos de datos. b) El análisis y al interpretación de varios tipos de datos incluyendo secuencias de nucleótidos y aminoácidos, dominios proteicos y estructuras de proteínas. c) El desarrollo y la implementación de herramientas que permitan acceso y manejoeficientes de diferenctes tipos de información.

- La filogenia se define como la historia o crónica evolutiva de las especies.
Su misión es conocer las relaciones evolutivas entre los grupos de especies y hay un acuerdo generalizado en que es el criterio a seguir en el establecimiento de la organización natural.

- Los cuatro pasos a seguir dentro del modelado de proteinas son:1.- Identificar las proteinas con estructuras tridimensionales conocidas que estan relacionadas con la secuencia objetivo.
2.- Alinear las estructuras tridimencionales con la secencia objetivo y determinar las que se van a usar como plantillas.
3.- Construir un modelo para la secuencia objetivo basado en el alineamiento con la estructura de la plantilla.
4.- Evaluar elmodelo deacuerdo a los lineamientos y determinar si es satisfactorio.

5. Vayan al menú anterior Science Primer. Sigan el enlace Genome Mapping. Responde las siguientes preguntas:
a) ¿Cuál es la diferencia entre un mapa físico y uno genético?
R. Ambos mapas, genéticos y físicos proporcionan el orden probable de elementos a lo largo de un cromosoma. Sin embargo, un mapa genético,proporciona una estimación indirecta de la distancia entre dos puntos y se limita a ordenar ciertos elementos. Por otro lado, los mapas físicos marcan una estimación de la distancia real, en las mediciones llamadas pares de bases, entre los elementos de interés.

Los mapas genéticos usan de puntos de referencia llamados marcadores genéticos para guiar a los investigadores en su búsqueda degenes.

Los mapas genéticos se utilizan también para generar la columna vertebral esencial, necesaria para la creación de más detallados mapas del genoma humano. Estos mapas detallados, llamados mapas físicos, que defininen con más detalle la secuencia de ADN entre los marcadores genéticos y son esenciales para la rápida identificación de los genes.

6. Vayan al menú anterior SciencePrimer. Sigan el enlace Molecular Modeling. Responde las siguientes preguntas:
a) ¿Cuáles tipos de estructuras puede conformar una proteína? ¿Qué hace el algoritmo BLAST?
R.

- BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra...