Bioinformatica

Universidad Cat´lica de Santa Mar´
o
ıa
Facultad de Farmacia, Bioqu´
ımica y Biotecnolog´
ıa
Programa Profesional de Ingenier´ Biotecnol´gica
ıa
o

Plan de Tesis

Tesis presentada por:
Bachiller:
Ra´ l Orlando Herencia Montesinos
u
Asesor de Tesis:
Dr. Badhin Gomez Valdez

Arequipa – Per´
u
2011

´
Indice
´
Indice

I

1. Datos Generales del Alumno Responsable

12. Datos Generales del Proyecto

1

3. Identificaci´n del Problema
o

1

4. Formulaci´n del Problema
o

1

5. Justificaci´n
o

2

6. Alcance

2

7. Antecedentes

2

7.1. Antecedentes Generales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8. Objetivos

2
3

8.1. Objetivo General . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . .

3

8.2. Objetivos Espec´
ıficos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

3

9. Hip´tesis
o

4

10.Marco Te´rico
o

4

11.Equipos y M´todos
e

7

11.1. Equipos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

7

11.2. M´todos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . .
e

8

11.2.1. Obtenci´n de archivos PDB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
o

8

11.2.2. Minimizaci´n de la Energ´ del Sistema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
o
ıa

8

11.2.3. Simulaci´n de Din´mica Molecular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
o
a

8

11.3. Docking de Prote´
ınas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .

9

11.4. Simulaci´n de Din´mica Molecular de la macro-mol´cula . . . . . . . . . . . . . . .
o
a
e
11.4.1. An´lisis de los Datos Obtenidos de la Simulaci´n Molecular de las Estructuras
a
o

9
9

12.Diagrama de Flujo de Actividades

10

13.Cronograma

11

14.Presupuesto

12

15.Docente Responsable a cargo

12

Bibliograf´
ıa

13

I

1.Datos Generales del Alumno Responsable
Herencia Montesinos, Ra´l Orlando.
u
C´digo de Matr´
o
ıcula: 2005800241

2.

Datos Generales del Proyecto
T´
ıtulo del Proyecto
Estudio Bioinform´tico de las propiedades termodin´micas de las toxinas Cry1Aa y Cry4Ba
a
a
de Bacillus thuringiensis, y su relaci´n con la especificidad como bioinsecticidas.
o

´
Area:
General: Ciencias Bioqu´ımicas y Biotecnol´gicas.
o
Espec´
ıficos: Ingenier´ Biotecnol´gica.
ıa
o
L´
ınea: Biolog´ Molecular, Ingenier´ Gen´tica, Biolog´ Computacional.
ıa
ıa
e
ıa
Asesor: Dr. Badhin Gomez Valdez.

3.

Identificaci´n del Problema
o
La poca informaci´n de las bases moleculares envueltas en la especificidad de las toxinas Cry1Aa
o

y Cry4Ba conlleva a largas experimentaciones sinresultados concretos, por lo que se hace necesario un screening utilizando una herramienta como la Bioinform´tica para poder brindar datos
a
fisicoqu´
ımicos que nos ayuden a entender los dominios y sitios de interacci´n entre las toxinas y
o
sus receptores.

4.

Formulaci´n del Problema
o
El Bacillus thuringiensis es el bioinsecticida m´s utilizado comercialmente. Tradicionalmente
a

se haocupado para el control de insectos plaga en la agricultura y de mosquitos vectores de
enfermedades como la malaria y el dengue.
Varios factores han hecho posible que Bacillus thuringiensis tenga ´xito en la agricultura y en
e
el control de mosquitos transmisores de enfermedades. El m´s importante es su alta especificidad
a
hacia el insecto blanco y su inocuidad para mam´
ıferos, otrosvertebrados, plantas e inclusive otros
insectos ben´ficos. Sin embargo, una de sus desventajas es la alta variabilidad de estas toxinas que
e
conlleva a una alta especificidad. 1
Para entender las interacciones que se dan entre una toxina con el receptor de un insecto que no
se encuentra dentro de su especificidad, se tendr´ que hacer pruebas in vivo para poder analizar y
ıa
comprender esta...