Bioinformatica

Universidad del Valle de Guatemala
Facultad de Ciencias y Humanidades
Laboratorio de Biología Celular


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Práctica No. 14: Bioinformática

La página web NBI (National Center for Biotechnology Information) tiene como fin el proveer información relacionada con la Biotecnología, enfocándose en avances científicos y la salud, por medio delacceso a información biomédica y genómica.

1. ¿Cuál es la utilidad de conocer la Tm de los primers?
Es de gran utilidad ya que los primers con un Tm entre 52-58°C generalmente producen mejores resultados que primers con un Tm más bajo. Los primers con una diferencia más grande a 5°C pueden resultar en una amplificación preferencial del primer que más se haya visto favorecido (NFSTC, 2009).2. ¿Qué indica el contenido GC en un primer, para qué debe conocerse?
La Guanina y Citosina se unen por tres puentes de hidrogeno, al contrario de la Adenina y Timina. El ADN con un mayor contenido de GC es más estable. Este sirve para ver qué tan termoestable es un primer, y se utiliza para calcular la temperatura a la que los primers se unen a las hebras de ADN (NFSTC, 2009).

3.¿Cómo se localiza el primer reverse en la secuencia del gen de interés?
Se tienen que buscar las bases complementarias a la secuencia del primer forward e invertir el orden para que se lea de 5’ a 3’.

4. ¿Cuál es la importancia de conocer el tamaño del producto a ser amplificado?
Es importante ya que al visualizarlo en una electroforesis se puede saber si la banda corresponde al tamaño depares de bases que se esperaba. Además, dependiendo de que tan largo vaya a ser el segmento a amplificar así tiene que ser el número de dNTPs a utilizar en el master mix, ya que si no es suficiente el ADN no se amplificará adecuadamente (NFSTC, 2009).

5. ¿Cuál es el tamaño apropiado de un primer?
De 18-30 pares de base. Primers más grandes de 17 pares de bases son lo suficientementecomplejos para que los primers no se unan a otras secuencias similares. Primers de esta longitud por lo general son secuencias únicas en el genoma. Primers más largos que 30 bases no demuestran una especificidad más grande, sino que pueden presentar mayor problemas al hibridarse cruzadamente con otros primers y secuencias en la mezcla de la reacción, evitando así que haya una polimerización del ADN(NFSTC, 2009).

6. ¿Por qué se debe evaluar la presencia de Homodimers, Heterodimers y Hairpins para la selección de un par de primers?
Porque en base a esto se puede saber la probabilidad de que el primer forme estructuras secundarias consigo mismo o con otro primer. Si esto llegara a pasar podría evitar que se dé la amplificación del ADN. Un primer es mejor entre menos auto complementariosea (NFSTC, 2009).

7. ¿Qué significa la ΔG en estos casos?
Es la energía libre de los primers para formar estructuras secundarias a temperaturas normales. Entre más energía libre tengan, más fácil será que el primer forme estas estructuras. Por lo tanto, entre menos energía libre se tenga mejor (NFSTC, 2009).

8. ¿Cómo evalúa la cantidad de enlaces entre los dimers?
Entre menosenlaces forme con otros primers mejor, ya que si en dado caso se llegasen a unir esto puede afectar la amplificación, ya que los primers no se unen a las hebras de ADN (NFSTC, 2009).

9. En un párrafo justifique porque seleccionó ese par de primers

Elegiría al 1er set de primers puesto que en el análisis de homodimers el número de enlaces y de energía libre son bajos. Por el otro lado, enel caso de los heterodimers solamente pueden formarse 20 y de la misma manera que con los homodimers, son primers con valores de energía bajos y con poca formación de enlaces.

Cuadro No. 1. Datos generales de posibles primers
Posibilidad | Primer | Secuencia (5`→ 3`) | Contenido CG (%) | Tm (ºC) | MM producto (pb) |
1 | Forward | TGGGATGAACATCGCTCGTCTGAA | 50 | 60 | 24 |
| Reverse |...