bioinformatica

1. Realizaremos algunas búsquedas con nuestras secuencias. Comencemos con la secuencia:
> 61_294380_.ab1 ABIX Testing -- no comment BLASTN
CCGATACCTCCTAAGGGACAAAGCTGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGA-
TAAGCTTGATATCGAATTCCTGCAGGCAGAGGTACATGTCAGACTGGTGATTGTGGTGGA-
GTCTTACAGTGTACCGGATGGGGCAAACCCCCAAACACCCTAGCCGAGTACGCCTTGGAC-
CAGTTTAGCAACTTAGATTTTTGGGACATTTCTTTAGTCGATGGATTTAATATTCCAATG-ACTTTTGCCCCAACAAAACCTAGTGGAGGAAAATGTCACGCAATTCATTGCACGGCCAAT-
ATAAATGGTGAATGTCCTCGCGCCCTTAAGGTACCTGGAGGATGTAACAACCCTTGTACC-
ACGTTTGGAGGACAACAATATTGTTGCACCCAAGGTCCATGTGGCCCTACAGAGTTGTCC-
AAATTTTTCAAGAAAAGATGTCCCGATGCTTATAGCTACCCACAAGACGATCCTACAAGC-
ACATTTACTTGCCCTGGTGGTAGTACAAACTATAGGGTTGTCTTTTGTCCTAATGGTGTT-
GCTGATCCAAATTTCCCCTTGGAGATGCCTGCAAGTACTGATGAAGTGGCCAAGTGAATT-TGAGTTTCTTCATTTTAAATCGCCTCAATTAGTCAACTGATCTCTACCGTAATGAAAAAT-
CTTAATAGCTCAGTTTTTTAAATATTCACTTTTACTTTATTGATAAGAGTTCGTAACAAA-
CTTAAAGACCGGAATAAGAGTTACATCTCATGTGTACTTTTGTCTTAGATGTATAAAACA-
ACAGTGCATTTGAATTATCGTTCTTTTTTTTTAAAAAAAAAAATAACTTTTAGAAAAGTA-
TTAAGCCTAAATTTAGACCAATAAACCAAACAAAAAAGTATTTGATAATGCCTCGAGAAT-
CATTTCACGCTGTCNTGTATATGAGCCTCTTTAAATCGGACNCTGAAATATTTTTAGNGN-
GACCATAATGTCACTGCNAGTAATTTAACNCCCTTAATTAAAGGATAATTAAAANTTTGC-GACGAAAATTTANTAACNAATTAGANTCCNAATTTNNCAANAANNGAAAAANCNNAANGN-
GGGCCTTGGTCGGCTTCNGGNCNGGTTTCNTTGTAAANTTTTNTTCTNGTTAANCCTTTA-
AGGGGGAACTNCNTTTTGGCCGGAATTCCCGCCNCCACCGGNAAACNTANGGCNCCCAAG-
GGCCCGGCCAATTTTNCCGAAATTNTNTTCCCCCCCTTTTCNANAAAAACNGGGAAAAAN-
TTTGAAGGGNACNCAAATTNCCCAAAGNAACCNTTCNTCCCGNGNANAANNAAAAANTTN-
NANTNGGGNGGGNNAAANTTTNAAAAAN
Y hagamos varios ejercicios, primero con blastn, luego blastx yluego tblastx.
¿Se obtuvieron resultados diferentes en cuanto a la secuencia más similar? Analice los resultados
Las secuencias que se encontraron respectivamente fueron:
Solanum lycopersicum ADN, cromosoma 8, el clon, secuencia completa con un score de 3860 y una identidad del 98 %

Proteína NP24 con un score de 345 y una identidad del 100% estoy quiere decir quetodas las zonas son codificantes

Solanum lycopersicum ADN, cromosoma 8, el clon, secuencia completa con un score de 12140 con una identidad del 69% esto quieres decir que hay varios zonas que no codifican

2. Luego seleccionemos la secuencia:

>gi|11497624|ref|NP_068844.1| hypothetical protein AF0003 [Archaeoglobus
fulgidus DSM 4304] BLASTPMKETIQLAIGVMLLAMLGCYIYITEFYHYESTEESSKAAIEYLNQLRAQNGLPPVKWNKT-
LYEFALERLEDMHERGYYSHYDPVTHETLIYRYVEGYVGECILNGVRGTNLLSNGLQSLF-
GYEEEAIDIWSKSTMHKLILTDKRFTDAAVACKYDMCVLIMTGG

Y hagamos ejercicios con blastp y tblastn.
Revisemos los conceptos de las matrices de puntaje. Cambiemos la matriz de puntaje y revise los resultados (BLOSUM XX y PAM) ¿cambian? ¿Cómo?

Tabla 1

Según la tabla los scores se mantienen mientras los E value en algunoscasos es mayor y en otros disminuye, si el E value es muy grande se puede decir que hay mas secuencias con la misma puntuación, o simplemente son falsos positivos.









3. Escojamos Blast genomes, genoma humano y busquemos la secuencia:

>gi|12188917|emb|AJ303372.1|RNO303372 Rattus norvegicus BLAST HUMANO
ATGGATCATGCTGAAGAAAATGAAATTCCTGCAGAGATCAGAAGTACCTCGTGGAAGTCA-
TCCGGTCCTCCAGGAGAGGCTGCACGTCAAGGACAAAGTCACAGACTCCATCGCAGGCATTCACGTGCACTCC-
TAAAAAAGTAAGA
AACATCATCTACATGTTCTTGCTTGCCAGCATATAAATTCAAGGAGTATGTGCTGGGTGA-
CTTGGTCTCGGGC
ATAAGAGCTCCCCCAAGGCTTAGCCTTCGCGATGCTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGG-
C

La secuencia original, la que usted usó es una secuencia de ratón. ¿Podría decir que la secuencia que usó es homóloga a una secuencia en el genoma de los humanos?, ¿Cuáles son losumbrales establecidos para aceptar dicha homología?, ¿Tendría que hacer más cosas para establecer esta homología?

Los resultado dados por Blast no son suficientes para concluir que son homologas deberíamos estudiar proteínas como la actina, que hace parte del cito esqueleto en todos los eucariontes (organismos con sistema de membranas intracelular). Para establece una homología se tiene que...