Bioinformatica

Introducción

En este trabajo se realizaron Blast de nucleótidos y de proteínas basado en un gen especifico. El gen de elección lo fue PINK1 que también es conocido como PARK6. Este gencodifica una proteína serina/treonina quinasa y está localizada en las mitocondrias. Las mutaciones de éste se asocian con la causa de la enfermedad del Parkinson ya que cambios en el complejo mitocondrialestimula al reclutamiento de otras proteínas asociadas a dicha enfermedad. Se realizaron alineamientos múltiples del gen PINK1 de humanos y en Mus musculus para comparar la similitud y cambios enproteínas existe entre ambos.


















GenBank (Wild Type)

























Blast nucleótido (Homo sapiens PINK1)El Blast del gen PINK1 en humanos muestra la distribución de los diferentes alineamientos o “hits” que abarcan la secuencia del problema (“query”). En este Blast seobserva que la mayoría de los “hits” comprenden de más de 200 pares de bases (rojo), pero también son notables “hits” entre los 80-200 pares de bases, le siguen “hits” de 50-80 secuencias y solo dos de40-50pb. Los primeros dos “hits” muestran que se alinean completamente con el “query”, sin embargo hay casos como en la cuarta línea en que se presenta una región, un espacio y luego otra región. Loantes mencionado significa que cada región pertenece a una secuencia o nucleótidos diferentes en la base de datos. Además, se puede dar el caso en que se encuentren regiones separadas por una línea gris,como por ejemplo en la sexta línea. Esto significa que ambas regiones corresponden al mismo nucleótido, pero cada segmento o secuencia es parecida a una región distinta del “query” en la base dedatos. Por último, en otros “hits” se pueden observar pequeñas líneas negras que son representativas de “gaps”.





En el primer alineamiento se puede observar un “max score” de 4834 de un “total...