Bioinformatica

















19 de Febrero del 2012










1. Determine si hay evidencias de transcripción de algún fragmento en la secuencia que se presenta al final de estepárrafo. Describa brevemente lo que encuentra, ¿hay evidencia para un solo gen con varios exones? si lo considera pertinente ayúdese de pantallazos para presentar sus explicaciones.





Como podemosapreciar en la imagen, encontramos dos exones en un único gen

2. a) Haga un BLAST. Posteriormente un alineamiento múltiple con ella y los homólogos encontrados (incluya al menos 15 secuencias). Apartir del alineamiento construya un patrón (usandos códigos de expresiones regulares vistos anteriormente).Escríbalo.


*D-G-G- [ILMV] –x (3) – [NT]–x(4)-[AILV]-x-A-G-[AV]-[DN]-x-[FILV]-V-[ASV]-G-[ST]-[AGS]-[IV]-x(2)-[AGQS]


*H-x-D-[IV]-M-D-[AGN]-x-F-V-P-N-[IL]-T-X-G-X(2)-[AIV]-[ILV]

*V-[EN]-P-G-x-[GS]-G-Q-x-[FY]-[ILM]





*A-G-x(2,4)-V-[ASV]-G-[ST]-[AGS]-[IV]-x(2)-[AGQS]-x-[DENS]b) Haga una búsqueda con él en bases de datos de patrones, estos son servidores donde puede hacer esto:

*¿Qué tipo de proteínas se obtienen buscando con los patrones?
RTA//

1.ribulosafosfato 3-epimerasa


*¿Cuáles cree que podrían ser homólogas?
RTA//



*¿Se encuentran más proteínas que si hubiese usado BLAST?

RTA// no es posible encontrar más proteínas ya que blastmaneja una de las base de datos muy completa, en cambio buscando por patrones la búsqueda es más exacta y no arroja tantos resultados


c) Ahora en lugar de hacer un patrón manualmente genere unoautomático con
PRATT: http://www.ebi.ac.uk/pratt/.

ntente hacer una búsqueda con el mejor patrón encontrado. ¿Qué resultados
encuentra? (presente el pantallazo y su explicación).

El patrónmás parecido fue




Al realizar la búsqueda encontramos ribulosa fosfato 3-epimerasa



¿Existe un patrón previamente determinado para esta familia en Prosite?, hay varias formas de...