BioinstrumEntación 4 Trabajando Con ImágEnes En Formato Tiff

Trabajo I
ICB425 Bioinstrumentación 4

Trabajo realizado por:
Romina Ahumada Morales
Estudiante de Ingeniería Biomédica, Facultad de Ciencias, Universidad de Valparaíso
Viernes 2 de Noviembre 2011.

OBJETIVO

Manipular imágenes médicas en formato digital DICOM, usando MATLAB y un visualizador de imágenes DICOM de acceso libre.

MATERIALES

* Imagen DICOM, IM-0001-0006.dcm.
*MATLAB, versión 7.12.0.635 (R2011a). Versión que permite visualizar imágenes DICOM.
* Sante DICOM Viewer FREE 2.1.3 (32-bit), visualizador de imágenes DICOM de acceso libre. Descargar desde el sitio:
http://www.santesoft.com/dicom_viewer_free.html.

METODOLOGÍA

1. Usando MATLAB.

Se inicia MATLAB. Se ubica en “Current Folder”, la carpeta donde se guardó la imagen DICOM. En estecaso correspondo al directorio:
C:\Users\Monita\Desktop\SEGUNDO SEMESTRE\BIOINSTRUMENTACIÓN 4\TRABAJO 1
a. Visualizar la imagen DICOM.
Buscar en ”Help” de MATLAB los comandos relacionados con imágenes en formato DICOM.
El procedimiento para la visualización de una imagen DICOM, se encuentra en la siguiente sección de “Help”:

Processing Toolbox\User's Guide\Reading and Writing ImageData\Working with DICOM Files\Overview of DICOM Support.
En el item “Reading Image Data from a DICOM File”, se indica que la función dicomread lee archivos en formato DICOM. Cuando se utiliza dicomread, se puede especificar el nombre del archivo como argumento, como se ve a continuación.
I = dicomread('IM-0001-0006.dcm');

Para la visualización de imágenes en formato DICOM, se sugiere utilizar lafunción imshow, teniendo en cuenta que la imagen contiene 16 bits de datos, por lo tanto, para que la imagen DICOM sea visible se debe utilizar la siguiente sintaxis.

imshow(I,'DisplayRange',[])

DisplayRange es un parámetro de la función imshow, que controla el rango de la escala de visualización de una imagen. Para visualizar todo el rango de la escala de niveles grises de la imagen DICOM,el valor del parámetro debe ser [ ]. De no ser así, la visualización comprenderá un rango más pequeño de escala de grises, con menor nivel de detalle.

El código implementado para visualizar la imagen DICOM IM-0001-0006.dcm es el siguiente:

%Ejercicio 1.a.%
close all
I = dicomread('IM-0001-0006.dcm');%Se lee la imagen DICOM%
%Se guarda en la varialble I%imshow(I,'DisplayRange',[]%Para visualizar la imagen DICOM %
title ('Imagen DICOM')

El resultado de la implementación del código se aprecia en la Figura 1.a-1.

Figura 1.a-1: Imagen DICOM IM-0001-0006.dcm, visualizada en MATLAB.
Cuando se ejecuta el código, sin utilizar el parámetro DisplayRange, la imagen se visualiza como se muestra en la Figura 1.a-2.

%Ejercicio 1.a.%
close all
I =dicomread('IM-0001-0006.dcm');%Se lee la imagen DICOM%
%Se guarda en la varialble I%
imshow(I)%Para visualizar la imagen DICOM %
title ('Imagen DICOM')

Figura 1.a-2: Imagen DICOM IM-0001-0006.dcm, visualizada en MATLAB, sin utilizar el parámetro DisplayRange.

La imagen DICOM de la Figura 1.a-2 se ve oscura, debido a que no son visualizados todos los niveles de grises de la imagen, y sólo se aprecia una escalareducida de niveles de grises.

b. Ajustar los parámetros de visualización (“eje de color”) para obtener una visualización óptima.

El procedimiento para ajustar los parámetros de visualización de una imagen DICOM (eje de color o color axis), se encuentra en la siguiente sección de “Help”.
MATLAB\Functions\3-D Visualization\Surface and Mesh Plots\Color Operations\caxis
Ajustando los valoresmáximo y mínimo del eje de color, caxis ([cmin cmax]), es posible obtener distintas visualizaciones de la imagen DICOM.
Al aumentar el valor máximo del eje de color, se tiene por resultado una imagen donde predominan los negros, se ve más oscura.
Al aumentar el valor mínimo del eje de color, se tiene por resultado una imagen donde predominan los blancos, la imagen se ve más clara.

Para...