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Cuestionario previo.
1. ¿Qué es un gen?
Un gen es una secuencia ordenada de nucleótidos en la molécula de ADN (o ARN, en el caso de algunos virus) que contiene la información necesaria para la síntesis de una macromolécula con función celular específica, habitualmente proteínas pero también ARNm, ARNr y ARNt. El gen es considerado la unidad de almacenamiento de información genética y unidad dela herencia, pues transmite esa información a la descendencia. Los genes se disponen, pues, a lo largo de ambas cromátidas de los cromosomas y ocupan, en el cromosoma, una posición determinada llamada locus.
2. ¿Qué es una base de datos y para qué sirve?
Una base de datos es una colección de información ordenada, normalmente en tablas, normalmente se utiliza para introducir y almacenar datos,ordenarlos y manipularlos al igual que organizarlos de manera significativa para poder extraer conclusiones.
3. ¿Cuáles son las 3 corporaciones más grandes que colaboran en la recolección pública de secuencia de nucleótidos y de proteínas?
Las tres bases de datos principales de nucleótidos: NCBI (EEUU), EMBL (Europa), DDBJ (Japón
Principales bases de datos de proteínas: Uniprot, Swiss-prot,PDB, MMDB, SCOP
4. ¿Qué es un algoritmo?
Es una sucesión de instrucciones o reglas bien definidas, ordenadas y finitas que permiten realizar una actividad mediante pasos sucesivos que no generen dudas a quien deba realizar dicha actividad, un algoritmo es cualquier cosa que funcione paso a paso, donde cada paso se pueda describir sin ambigüedad y sin hacer referencia a una computadora enparticular, y además tiene un límite fijo en cuanto a la cantidad de datos que se pueden leer/escribir en un solo paso.
5. ¿Para qué sirve el algoritmo BLAST y VAST?
BLAST: (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en laliteratura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es importante mencionar que BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significaciónde sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen.
Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función.
VAST: es una herramienta educativa quese ha diseñado para ser utilizada en clases de compiladores y procesadores del lenguaje. La versión actual permite generar y visualizar los árboles sintácticos y si proceso de construcción. Las principales ventajas de VAST son: independencia del generador de parsers utilizados, permite que los estudiantes visualicen el comportamiento de los parsers que desarrollan y consta de una interfaz diseñadapara manejar cómodamente árboles sintácticos muy grandes.
6. Para que se usan los siguientes formatos: FASTA, OMIM, PUBMED.
FASTA: En bioinformática, el formato FASTA es un formato de fichero informático basado en texto, utilizado para representar secuencias bien de ácidos nucleicos, bien de péptido, y en el que los pares de bases o los aminoácidos se representan usando códigos de una únicaletra. El formato también permite incluir nombres de secuencias y comentarios que preceden a las secuencias en sí.
La simplicidad del formato FASTA hace fácil el manipular y analizar secuencias usando herramientas de procesador de textos y lenguajes de guion como Python y PERL.
OMIM: El proyecto Mendelian Inheritance in Man es una base de datos que cataloga todas las enfermedades conocidas con...