BIOQUIMICA

Para separar ácidos nucleicos grandes (más de unos centenares de bases), la matriz empleada es agarosa purificada. En ambos casos, el gel forma una matriz sólida pero porosa.
Los geles de Agarosa por su parte tienen menos poder de resolución en comparación con la poliacrilamida, pero tienen un alto rango de separación y no presenta neurotoxicidad.
Agarosa: polisacárido, producto purificadode algas (composición similar al agar-agar). Se disuelve en caliente (50-60°C) y al enfriar solidifica formando un gel, de alta porosidad.
http://www.biotools.eu/esp/pdf/Boletines%20de%20Producto/Reactivos%20electroforesis/MB%20Agarose.esp.ed4.jul09.pdf
La agarosa (cuyo nombre comercial más común es Sefarosa) pura permite utilizarla en concentraciones muy bajas (< 0.5%) y facilita la formación deporos de tamaño muy grande. El agar como tal (agarosa + agaropectina) también permite la formación de poros muy grandes además de ser muy estable mecánicamente bajo las
condiciones que se requieren en cromatografía de afinidad. Sin embargo, la agropectina contiene grupos sulfato y, en menor número, grupos carboxilo que le proporcionan al agar características iónicas que no son deseables en eltipo de cromatografía que nos atañe

La estructura de la matriz de agarosa no se mantiene por enlaces covalentes, como sucede en las matrices de dextrano, si no que se debe a puentes de hidrógeno entre cadenas vecinas (probablemente hélices triples). Sin embargo, cuando se adicionan agentes que destruyen estos puentes, como urea, cloruro de guanidino, iones y algunos detergentes utilizados pararecuperar la muestra, no se aprecia una disminución en la estabilidad de la matriz. Por lo tanto existen otras fuerzas involucradas en éste fenómeno pero aún no ha quedado claro la naturaleza de las
mismas. Una matriz de agarosa pierde su estabilidad cuando es expuesta a calor por periodos prolongados. Se recomienda que no se les utilice por debajo de los cero grados centígrados ni por arriba delos 40oC.
La esterilización por calor debe evitarse en cualquier momento.

Por otro lado, estas matrices son estables en un rango de pH de 4-9 y muestran una tolerancia adecuada a la exposición de 0.1 M NaOH o 1 M HCl de 2-3 hrs.

También se ha demostrado que estas matrices no se deforman durante la exposición a
1-2 M NaCl, 8 M urea, 6 M cloruro de guanidino, 0.4% deoxicolato de sodio, 3% SDSy 0.5% Triton X-100 aunque esta tolerancia no es indefinida. También toleran bajas concentraciones de solventes orgánicos como etilén glicol, etanol, metanol, acetona, butanol, piridina (80% v/v) y dimetil formamida (50%), se sabe que el dimetil sulfóxido puede perturbar la estructura del gel.
A fin de proporcionar una mayor estabilidad a la matriz se puede adicionar epiclorohidrína, 2,3dibromopropanol o divinil sulfona.

Estos agentes entrecruzan las cadenas vecinas de agarosa lo cual permite su utilización en un mayor rango de pH (3-12) e incluso el uso de solventes orgánicos como tetrahidrofurano, cloroformo,
diclorometano, dicloroetano y dicloroetano:piridina (1:1).

Un parámetro para conocer la pureza de la agarosa implica conocer el contenido de sulfato orgánico de lamatriz, este índice se basa en el hecho de que los grupos sulfato le otorgan a la matriz ciertas propiedades iónicas no deseables. Las agarosas comerciales contienen cerca del 0.37% (w/v) de sulfuros y varian enormemente en el contenido de grupos sulfato. Es recomendable dar un tratamiento previo a la matriz con hidroborato de sodio para remover esto grupos

5.3
“polimorfismos en la longitud de losfragmentos de restricción que en biología molecular, el término RFLP (del inglés Restriction Fragment Length Polymorphism) se refiere a secuencias específicas de nucleótidos en el ADN que son reconocidas y cortadas por las enzimas de restricción (también llamadas endonucleasas de restricción) y que varían entre individuos. En un cromosoma humano, una enzima de restricción puede producir un gran...