Bioqumica

Cuando se comparan los procesos metabólicos y bioquímicos de organismos diferentes, sorprende la universalidad de las soluciones adoptadas. Por ejemplo, todos los organismoseucariotas poseen proteínas implicadas en la respiración celular. De una de estas proteínas, el citocromo c, que se encuentra en las mitocondrias, se ha estudiado la secuencia deaminoácidos en diversos grupos.
Teniendo en cuenta las semejanzas y diferencias de dichas secuencias pueden establecerse unas relaciones filogenéticas, que coinciden con las obtenidas porcriterios morfológicos, taxonómicos, paleontológicos, embriológicos, etc. Entre el ser humano y el chimpancé hay un solo aminoácido diferente, el que ocupa la posición 66, que en elser humano es isoleucina y en el chimpancé treonina. Entre el ser humano y el caballo hay 12 djferencias y entre el mono y el caballo 11.
Teniendo en cuenta el código genético, sepuede calcular el número mínimo de mutaciones (sustituciones de nucleótidos) necesario para cambiar el codón de un aminoácido por el codón de otro y establecer así una filogenia enel ámbito molecular. Estas filogenias coinciden básicamente con las establecidas por otros métodos. Si, de acuerdo con Kimura, la mayoría de las sustituciones de aminoácidos de unaproteína se considerasen neutras, por no cambiar su función, y el ritmo de sustituciones de aminoácidos fuera constante a lo largo del tiempo, la comparación de las secuencias deaminoácidos de una misma proteína entre diversos grupos permitiría establecer un reloj evolutivo.
Determinando por métodos paleontológicos y de datación radiactiva el origen de ladiversificación de dos grupos, el reloj evolutivo permitiría establecer una cronología para medir el tiempo de aparición de todas las ramificaciones de la filogenia de dichos grupos