cancer
Páginas: 18 (4418 palabras)
Publicado: 4 de septiembre de 2014
Integración de red de coexpresión génica cáncer y metabólicos
Red para descubrir potenciales dianas farmacológicas de cáncer
†State clave laboratorio de ingeniería genética, Departamento de Bioestadística y biologíacomputacional, escuela de Ciencias de la vida,
La Universidad de Fudan, en Shanghai‡Biomedical Departamento de ingeniería, Facultad de ingeniería, Universidad de Pekín, Pekín, China
Resumen: Metabolismo de la célula es crítico para la progresión y la transformación de células decáncer. En este estudio, hemos desarrollado un novedoso método, llamado Met-express, que integrauna red de coexpresión génica cáncer con la red metabólica para predecir genes clave de codificaciónde enzimas y metabolitos en el metabolismo de la célula de cáncer. Met-express conéxito identificanun grupo de genes clave de codificación de enzimas y metabolitos en pulmón, leucemia y cáncer demama. Revisiones de la literatura sugieren que aproximadamente el 33−53% de los genes predichostampoco son conocidos u objetivos sugerido fármaco contra el cáncer, mientras que el 22% de losmetabolitos predijo son compuestos drogas conocidas o alto potencial en el uso terapéutico. Además,lasvalidaciones experimentales demuestran que el 90% de los genes seleccionados y el 70% de losmetabolitos demuestran los fenotipos de lucha contra el cáncer significativo en las células cancerosas,lo que implica que pueden desempeñar papeles importantes en el metabolismo del cáncer. Por lo tanto, Met-express es una herramienta poderosa para descubrir nuevos biomarcadores terapéuticos.
Palabrasclave: cáncer, red de coexpresión génica, red metabólica, integración de redes, dianasfarmacológicas, metabolismo
INTRODUCCIÓN
En respuesta a eventos oncogénicas, someterse las células cancerosas
importantes alteraciones metabólicas y adaptaciones, 1−3 tales como la
"Efecto Warburg", que serefiere a un aumento importante en aerobia glycolysis.4 por otro lado,reprogramación metabólica-
Ming en cáncer también contribuye a la inmunosupresión de cáncer cells.3, invasión y metástasis porejemplo, mayor oxígeno reactivo (ROS) las especies generación puede activar la expresión de hipoxiainducible factor-1 subunidad alfa (HIF-1α), que a su vez promueve la invasión del tejido ymetastasis.3,5 tal mezcla cause−effect papeles de metabolismo dela célula de cáncer complicannuestra comprensión de las bases moleculares de la carcinogénesis, por lo que es difícil de descubrirdos nuevos biomarcadores diagnósticos y terapéuticos mediante la explotación de cáncer de la célulametabolism.67
Una de las razones más importantes para un metabolismo alterado de las células cancerosas es lasalteraciones dela expresión de una gran cantidad de enzima-codificación de genes implicados endiversos camino metabólico-
Por ejemplo, la glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD) 9−12 ways.1,2,6−8 y la isoformatranscetolasa-1 (TKL1) son 10,13,14
exceso expresado en múltiples células cancerosas, contribuyendo a la acumulación de ribosa 5-fosfatopara apoyar el rápido
crecimiento del cáncer cells.10−13 detección de genes con similares
patrones de alteraciones discursiva, portanto, pueden proporcionar la penetración en la organizaciónmecanicista de cáncer-específicas alteraciones. Sin embargo, debido a la reprogramación de las víasmetabólicas importantes, 10 análisis conjunto gene basado en vías conocidas pueden ser insufficientpara detectar patrones anormales de los cambios de expresión. Construcción de red de coexpresióngénicaseguido de identificación de los módulos de coexpresión génica no se basa en la presunción de ladivisión de sendero conocido y está bien adaptado para desentrañar la novela patrones de asociacióny Reglamento
de genes bajo conditions.15−19 patológica para identificar
deben utilizarse los genes que pueden desempeñar papeles críticos en metabolismo del cáncer, sin embargo, información más allá de...
Red para descubrir potenciales dianas farmacológicas de cáncer
†State clave laboratorio de ingeniería genética, Departamento de Bioestadística y biologíacomputacional, escuela de Ciencias de la vida,
La Universidad de Fudan, en Shanghai‡Biomedical Departamento de ingeniería, Facultad de ingeniería, Universidad de Pekín, Pekín, China
Resumen: Metabolismo de la célula es crítico para la progresión y la transformación de células decáncer. En este estudio, hemos desarrollado un novedoso método, llamado Met-express, que integrauna red de coexpresión génica cáncer con la red metabólica para predecir genes clave de codificaciónde enzimas y metabolitos en el metabolismo de la célula de cáncer. Met-express conéxito identificanun grupo de genes clave de codificación de enzimas y metabolitos en pulmón, leucemia y cáncer demama. Revisiones de la literatura sugieren que aproximadamente el 33−53% de los genes predichostampoco son conocidos u objetivos sugerido fármaco contra el cáncer, mientras que el 22% de losmetabolitos predijo son compuestos drogas conocidas o alto potencial en el uso terapéutico. Además,lasvalidaciones experimentales demuestran que el 90% de los genes seleccionados y el 70% de losmetabolitos demuestran los fenotipos de lucha contra el cáncer significativo en las células cancerosas,lo que implica que pueden desempeñar papeles importantes en el metabolismo del cáncer. Por lo tanto, Met-express es una herramienta poderosa para descubrir nuevos biomarcadores terapéuticos.
Palabrasclave: cáncer, red de coexpresión génica, red metabólica, integración de redes, dianasfarmacológicas, metabolismo
INTRODUCCIÓN
En respuesta a eventos oncogénicas, someterse las células cancerosas
importantes alteraciones metabólicas y adaptaciones, 1−3 tales como la
"Efecto Warburg", que serefiere a un aumento importante en aerobia glycolysis.4 por otro lado,reprogramación metabólica-
Ming en cáncer también contribuye a la inmunosupresión de cáncer cells.3, invasión y metástasis porejemplo, mayor oxígeno reactivo (ROS) las especies generación puede activar la expresión de hipoxiainducible factor-1 subunidad alfa (HIF-1α), que a su vez promueve la invasión del tejido ymetastasis.3,5 tal mezcla cause−effect papeles de metabolismo dela célula de cáncer complicannuestra comprensión de las bases moleculares de la carcinogénesis, por lo que es difícil de descubrirdos nuevos biomarcadores diagnósticos y terapéuticos mediante la explotación de cáncer de la célulametabolism.67
Una de las razones más importantes para un metabolismo alterado de las células cancerosas es lasalteraciones dela expresión de una gran cantidad de enzima-codificación de genes implicados endiversos camino metabólico-
Por ejemplo, la glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD) 9−12 ways.1,2,6−8 y la isoformatranscetolasa-1 (TKL1) son 10,13,14
exceso expresado en múltiples células cancerosas, contribuyendo a la acumulación de ribosa 5-fosfatopara apoyar el rápido
crecimiento del cáncer cells.10−13 detección de genes con similares
patrones de alteraciones discursiva, portanto, pueden proporcionar la penetración en la organizaciónmecanicista de cáncer-específicas alteraciones. Sin embargo, debido a la reprogramación de las víasmetabólicas importantes, 10 análisis conjunto gene basado en vías conocidas pueden ser insufficientpara detectar patrones anormales de los cambios de expresión. Construcción de red de coexpresióngénicaseguido de identificación de los módulos de coexpresión génica no se basa en la presunción de ladivisión de sendero conocido y está bien adaptado para desentrañar la novela patrones de asociacióny Reglamento
de genes bajo conditions.15−19 patológica para identificar
deben utilizarse los genes que pueden desempeñar papeles críticos en metabolismo del cáncer, sin embargo, información más allá de...
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