CAP

15.1
El proceso de transcripción es el mismo en eucariotas y procariotas.
La interacción de las proteínas del DNA en los eucariotas forman un esquema familiar de los procesos bacterianos.
Las proteínas activadoras unen secuencias regulatorias para activar la transcripción(regulación + de transcripción) y represores de proteína que se unen a otras secuencias para bajar la transcripción(regulación – de transcripción).
En las eucariotas estas proteínas son mas complejas.

Structural motifs of DNA binding proteins
Se han encontrado millones de proteinas regulatorias en las eucariotas.
Las roteinas regulatorias son los genes de regulación en la expresión genética. Estas proteínas están caracterizadas en base a su estructura llamado ‘’structural motifs’’. El elemento mas común delstructural motifs son los alfa hélice y otras proteínas 2darias que forman los dominios funcionales.
Los dominios funcionales permiten que las proteínas puedan identificar y unir secuencias regulatorias del DNA especifico en el major o minor Groove del DNA.
Estas uniones de dominio consisten de aminoácidos y las mismas interacciones con sus bases nitrogenadas.
Los aminoácidos de los dominiosfuncionales son capaces de reconocer secuencias especificas de DNA por interacciones con los ‘’arrays’’ únicos de N,O,I & H que se extienden de cada par de base.
Transcriptional regulatory interactions
3 sets de secuencias de DNA regulatoria están comúnmente envueltas en la regulación de la transcripción en los genes específicos en las eucariotas.
El 1er set son el ‘’core promotor region’’=> contieneTATA box y otras secuencias.
2do es el ‘’proximal elements’’=> une proteína regulatoria y son importantes para reconocimiento de promotor y eventualmente transcripción. Este se encuentra upstring.
3ra es ‘’enhacer sequences’’=> une proteína regulatoria e interactua con proteínas unidas a otros segmentos de promotores y se encuentra a gran distancia. Se encuentra mayormente dentro de los genes.
Estastres contienen ‘’cys-acting-regulatory-sequences’’=> regulan transcripción de genes que se encuentran en el mismo cromosoma que el de la secuencia.
Proteinas activadoras o represoras transcripcionales se unen a promotores proximales y enhancers. Todas estas se conocen como ‘’trans acting regulatory protein’’=>se unen a cualquier target regulatory sequence en cualquier cromosoma.
Además de lasproteínas regulatorias que se unen a secuencias de DNA regulatorias, otras proteínas se asocian con regiones regulatorias de DNA por las interraciones que forman grandes complejos.
Proteínas regulatorias en eucariotas se unen a nucleotios específicos expuestos en ‘’minor and major groove’’ del DNA.
Promotores, elementos proximales, y enhancers son ‘’cys-acting’’ secuencias de DNA que se unen a lasproteinas regulatorias ‘’trans-acting’’ para regular la transcripción.
Secuencias silenciadoras bloquean la influencia de enhancer en algunos genes e influencia en otros genes.


15.2
La remodelación de cromatina regula la transcripción eucariótica.

Hemos descrito la regulación de transcripción en términos de interacciones entre proteínas regulatorias y secuencias regulatorias. Este patrón deregulación es análogo al proceso descrito para la regulación de transcripción en bacterias.
La característica de DNA eucariótico es el empacamiento de la cromatina.
Como entonces los factores de activación y represión de transcripción se unen al DNA regulatorio que esta empacado en la cromatina??????
Hay 3 mecanismos básicos en donde las proteínas ‘’trans-active’’ accesan secuencias de DNAregulatorio especifico en cromosomas eucarióticos.
1. Primero, algunas secuencias reguladoras no están tan fuertemente unidas a las histonas, lo que permite más o menos una entrada directa al DNA regulatorio. Estas secuencias incluyen la secuencia ‘’linker’’ entre nucleosomas y secuencias con características específicas que no permiten que las histonas se peguen eficientemente.
2. Proteínas llamadas...