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En el orden político, Flores completó la labor realizada por Reina Idiáquez en la desmilitarización de los poderes públicos y la sumisión de los militares al presidente de la República, no sin laresistencia de los afectados. El 18 de septiembre de 1998 el Congreso aprobó las reformas constitucionales que convirtieron al jefe del Estado en el comandante en jefe de las Fuerzas Armadas con lafacultad de nombrar a un civil para el Ministerio de Defensa, nombramiento que inmediatamente recayó en el abogado y diplomático Edgardo Dumas Rodríguez. El 30 de julio de 1999 Flores ejerciócontundentemente su autoridad con el cese de cinco integrantes de la cúpula militar (el jefe del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas, general Eugenio Romero Euceda, el viceministro de Defensa, coronelretirado Roberto Lázarus Lozano, y otros tres altos mandos), cerrando la incertidumbre generada tras el intento fallido de captura del Estado Mayor perpetrado el 16 de julio por un grupo de 29 coronelesy otros oficiales.

Por otro lado, el 26 de agosto de 1998, Flores instituyó el Ministerio de Seguridad Pública dentro de las previsiones del Plan Nacional para combatir la delincuencia y lacriminalidad, en ominosa progresión en los últimos años por cuenta sobre todo de las envalentonadas maras, las ultraviolentas bandas organizadas de delincuentes juveniles.

Las iniciativasgubernamentales en este terreno no produjeron resultados apreciables y además soslayaron por completo la actividad asesina, no por silenciosa menos escalofriante, de una serie de grupos armados que, al estilo delos antiguos escuadrones de la muerte centroamericanos, se estaban dedicado a ejecutar extrajudicialmente a niños y adolescentes que hacían vida marginal en la calle. Miembros de la Policía, guardiasprivados de seguridad y comités de defensa civil organizados por autoridades locales estarían involucrados en estas crudamente llamadas operaciones de limpieza social. De los informes de la Comisión...